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기술료보상금의 비과세 여부에 대한 조세심판원의 결정

  • 작성자
    손영욱
  • 작성일
    2013-05-20 17:25:33
  • 조회수
    4580
2011년부터 지금까지 많은 대학들을 괴롭혀 오던
대학 산학협력단의 기술료 보상금의 비과세 기타소득 적용 여부에 대한
조세심판원의 결론이 나왔습니다.
 
결론에 앞서 조세심판청구제도란
위법하거나 부당한 조세관련 처분을 받을 경우 또는 필요한 처분을 받지 못한 경우,
조세심판원에 심판 청구를 제기하여 잘못된 세금을 바로 잡을 수 있는 제도입니다.
 
사건의 개요를 정리해 보면 다음과 같습니다.
 
1. 감사원장은 2011. 8월경 비영리연구기관이 연구개발과제의 결과물을 기업에 실시하는 대가로 기술료를
징수하고, 참여연구원에게 지급한 기술료 성과급 등은 '직무발명보상금'에 해당되지 않으므로, 근로소득세를
징수하도록 국세청에 통보하였으며, ㅇㅇㅇ 연구원 외에도 유사한 사례가 있는지 확인조치할 것을 통보하였습니다.
 
2. 국세청은 각 지역 세무서를 통해, 관할 대학에 기술료 성과급 지급 내역 및 과세현황 자료 제출을 요구하였으며,
이는 각 지역 세무서에 따라 시차를 두고, 전국의 대학에 2013년 상반기까지  지속되었습니다.
 
3. 특히 진행속도가 빨랐던 충남대학교는 대전세무서에 제출한 2006~2010 귀속 기술료 성과급 자료에 대해
근로소득으로 신고하여야 한다는 취지의 수정신고 안내문을 받게 됩니다.
 
4. 이후,  연구원과 달리 대학의 교수는 산학협력단의 종업원이 아닌 관계로 근로소득의 적용이 어렵다는 것을
인지하게 된 대전세무서는 2011.12.15 산학협력단이 교수등에게 지급한 기술료는 원천세 과세대상으로
기타소득세를 과세하며, 기타소득지급명세서 미제출 가산세까지 함께 과세예고 통지를 합니다.
 
5. 2012.3.6 대전세무서에서 기술료에 대한 기타소득세와 가산세를 처분받은
충남대학교 산학협력단은 이에 불복하여 2012.5.31 조세심판원에 심판청구(조심2012전2623)를 제기하였고,
2013.4.25. 마침내 결정문을 받았습니다.
 
[제목] 산학협력단에서 교수 등에게 지급한 직무발명보상금의 비과세 기타소득 여부
 
[충남대 산단의 주장]
1. 기술료 성과급은 발명진흥법 상의 직무발명보상금으로 소득세법 제12조 5호 라목의 비과세 대상이다.
2. 종업원의 직무발명보상금에 대해서 소득세법에 따라 비과세하는 국세청의 비과세 관행이 존재하였다.
3. 국세청은 지난 수년간 과세논란을 인지하고서도 정확한 입장을 밝히지 않았으며, 이제와서 감사원 감사결과에
 따라  가산세를 부과하는 것은 부당하다.
 
[조세심판원 결정 요지]
 
1. 2007.12.31 개정 소득법 제12조 5호 라목에서 종업원의 직무발명에 대한 보상금에
산촉법에 의한 산단이 지급하는 보상금이 추가된 바, 2008.1.1 이후 산학협력단이 등록된 특허 등의 허여 등을
통하여 기업으로부터 수령한 수입금액 중 발명자인 교원에게 지급한 보상금은 비과세 기타소득에 해당된다.
 
2. 이 건의 경우, 비과세 관행이 성립되었다고 보기 어렵다.
 
3. 2008.1.1 이전에 산학협력단이 지급하였거나, 쟁점기술료 중 특허권 등으로 등록된 권리에 따라 지급한
보상금만 비과세 기타소득에 해당되는 것으로 해석하여 왔으므로 가산세 처분이 부당하다는 주장은
받아들이기 어렵다.
 
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정리하고 보니, 별 일 아닌 헤프닝처럼 보이기도 하지만,
지난 2년간 감사원과 국세청의 무책임한 행정으로 인해 우리 대학과 TLO가 받은 심적, 물리적 고통은 매우
컸습니다. 결론을 정리하다 보니 충남대 건만 기술되었지만, 언급되지 않은 많은 대학에서도 유사한 사건이
진행되었거나, 현재 진행 중에 있으며, ETRI의 경우 지금까지 소송이 진행되고 있습니다.
 
그동안 카우텀에서도 기술료 보상금에 대한 대학별 과세현황을 조사하고, 관련법을 정리한 문서를 대학에
배포하여, 대학이 한 목소리를 낼 수 있도록 노력하였으며, 특히 2012년 1월 제주에서 개최한
카우텀 워크샵에서는 전국대학이 이 문제를 놓고 토론을 전개하기도 하였습니다.
그리고 교과부와 협의하여 조세특례개정 건의문을 기재부에 제출하였고,
국과위에 동 내용을 보고하고 관련법의 개정을 요구하기도 하였습니다.
 
어느 누구도 탈세를 하고자 하지 않았습니다. 산학협력과 기술이전을 활성화시키기 위해서는 교수의 자발적인
노력과  TLO와의 협력이 매우 중요합니다. 법에서 부여한 합법적인 혜택과 권리를 우리 교수님께 드리고자
노력했던 TLO의 노력이 물거품이 되지 않을까 많이 두려웠습니다. 비과세로 드렸던 기술료 보상금을
가산세까지 붙혀 다시 회수해야 할 때 우리의 마음이 어땠을지 감사원과 국세청에서 조금이나마 헤아려
주시기 바랍니다. 다수 정부부처에서 국민의 세금을 재원으로 산학협력단과 기술이전 활성화를 위해 노력하는
이유를 살펴보아야 할 것입니다.
 
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향후 기술료 보상금에 대한 과세 여부 정리
 
1. 2008.1.1 이후 지급하는 기술료 보상금 중 등록된 특허 등의 기술이전 보상금은 비과세로 한다.
2. 노하우 및 출원 건의 기술료 보상금은 기타소득으로 과세한다.
3. 2007.12.31 이전 건의 경우 소득세 제척기간(5년)이 종료되었으므로 더이상 왈가왈부하지 않는다.
 
관련법이 명확히 개정되기 전까지는 상기와 같이 함께 행동하기를 권유드립니다.
 
그동안 제 일선에서 가장 많이 고생을 한 충남대 임창남 팀장님께 다시 한번 감사 드립니다.
  • 이성준 2013-05-21 09:28:57
    정리글 감사합니다..하루가 짧은 TLO에게 이런일들은 얼마나 치명적인지 모릅니다..그동안 고생하셨을 충남대 임팀장님과 TLO분들께 박수를 보냅니다. 이후에 구체적인 이야기도 들을 수 있는 기회가 있었으면 좋겠습니다.
  • 소윤재(광운) 2013-05-21 13:43:33
    감사합니다.
    드디어.....소화가 되는듯 합니다.
    충남대 산학협력단과 카우텀 그리고 이를 위해 수고했던 많은 기관의 기술이전 담당자 분들 고생하셨습니다.
    뭐가 문제인지만 알면 해결방법은 찾을 수 있는것 같습니다.
    요즘은 뭐가 문제인지 잘 모르는 분들이 많아서 문제죠..
  • 김영철 2013-05-23 09:05:15
    임창남 팀장님의 눈물 겨운 투쟁의 결과라 생각합니다. 그 동안 고생 많으셨습니다. 그리고, 감사해요.
  • 박선영 2013-06-05 17:08:08
    충남대학교의 수고에 감사드립니다. 그런데 목포대 산학협력단장님께서 전국산학협력단장협의회에 다녀와서 수도권 대학들은 기술이전보상금을 갑근세에 합산하라는 내용의 공문이 왔다고 합니다. 아직 이 소식이 안 전해져서 그런가요?
  • 차재은 2013-07-08 18:08:11
    대단히 고생 많으셨습니다. 그리고 본 판결에 대한 정리 또한 감사드립니다.
  • 남승현 2013-09-25 15:49:57
    저희도 오랜 투쟁속에 9월 4일 날짜로 통보받았습니다!!
    "처분청이 쟁점보상금 모두를 과세대상의 기타소득으로 보아 기타소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다." 요 문구가 아주 통쾌하네요! ㅋ
  • 손영욱
    축하하네... 결정문 스캔해서 보내주라...
  • 김도곤 2013-11-19 15:19:45
    여기서 궁금한 점이 하나 있습니다. 경상기술료로 입금되는 기술료 보상금도 등록된 건은 비과세, 그렇지 않은 건들은 과세 기타소득 처리를 하면 되는건지요?
  • 손영욱
    경상기술료가 입금될 쯤이라면 특허등록이 다 완료되지 않았을까요? 만약 등록 전이라면 기타소득 징수하는게 맞을 것 같네요.

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