「산학협력기술지주회사」와 관련한 세법

Ⅰ. 개  관

산학협력기술지주회사(이하 “기술지주회사”라 한다)는 각 대학이 설립한 산학협력단이 보유하고 있는 기술의 사업화를 목적으로 산학협력단의 출자에 의하여 설립된 법인을 말한다.

산학협력단은 보유하고 있는 기술을 현물로 출자하여 기술지주회사를 설립하고 설립된 기술지주회사는 산학협력단으로부터 출자를 받은 기술을 사업화하고자 하는 외부의 기업과 제휴하여 다시 자회사를 설립하며, 자회사로부터 사업의 성과에 따라 지분율만큼의 배당금을 받게 되는 것이다.

이러한 과정에서 산학협력단과 기술지주회사에 발생할 수 있는 세무문제를 절차별로 정리하여 보고자 한다.

Ⅱ. 기술지주회사 설립과정에서의 세무문제

1. 산학협력단의 세무문제

기술지주회사를 설립하는 과정에서 산학협력단은 보유하고 있는 기술을 현물로 출자하고 기술지주회사의 주식 내지는 지분을 취득하게 되는 데, 이에 따라 산학협력단은 현물출자하는 기술인 특허권 등에 대한 부가가치세 납세의무와 취득하는 주식 등에 대한 증여세 등의 납세의무를 부담하게 된다. 또한 법인의 설립 및 특허권 등의 이전에 대하여 지방세인 등록세의 납세의무를 부담하게 된다.

이는 기술지주회사를 설립한 이후 새로운 기술을 기술지주회사에 현물출자하여 증자를 하는 경우에도 동일하게 적용된다.

□ 부가가치세의 과세문제

산학협력단이 보유한 기술 등으로서 그 기술이 재산적 가치가 있는 경우에는 부가가치세법상 재화에 해당하는 것이므로, 산학협력단이 보유하고 있는 기술 등을 기술지주회사에 현물로 출자하는 것은 부가가치세법상 재화의 공급에 해당하게 되는 것이다. 이 경우 기술 등을 현물출자함에 있어서 부가가치세 과세표준의 계산을 위해서는 현물출자하는 기술 등의 가액을 평가하여야 하는 바, 산학협력단이 현물출자하는 기술에 관한 조사는 법원이 선임한 검사인의 검사ㆍ보고 또는 공인된 감정인의 감정에 의하여야 하는 바 「기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률」 제35조 제1항에 의한 기술평가기관의 평가ㆍ보고로 법원이 선임한 검사인 등의 검사ㆍ보고에 갈음할 수 있도록 규정하고 있으므로 부가가치세 과세표준은 기술평가기관의 평가액이 되어야 할 것이다.

이에 대한 관련규정을 살펴보면 다음과 같다.

(1) 부가가치세 과세대상의 판정

□ 부가가치세법 제1조【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입

② 제1항에서 재화라 함은 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말한다.

③ 제1항에서 용역이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타 행위를 말한다.

④ 생략

⑤ 생략

□ 부가가치세법 시행령 제1조【재화의 범위】

①「부가가치세법」(이하 "법"이라 한다) 제1조 제2항에 규정하는 유체물에는 상품ㆍ제품ㆍ원료ㆍ기계ㆍ건물과 기타 모든 유형적 물건을 포함한다.

② 법 제1조 제2항에 규정하는 무체물에는 동력ㆍ열 기타 관리할 수 있는 자연력 및 권리 등으로서 재산적 가치가 있는 유체물 이외의 모든 것을 포함한다.

③ 생략

□ 부가가치세법 기본통칙 1-1-1【재화의 범위】

재화라 함은 재산적 가치있는 모든 유체물과 무체물을 말하므로 물ㆍ흙ㆍ퇴비 등은 재화의 범위에 포함하며, 재산적 가치없는 것은 재화의 범위에 포함하지 아니한다.

□ 부가가치세법 기본통칙 6-17-2【개인사업자의 현물출자와 사업양도】

개인인 사업자가 법인설립을 위하여 재화를 현물출자하는 것은 재화의 공급에 해당하나, 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리(미수금에 관한 것을 제외한다)와 의무(미지급금에 관한 것을 제외한다)를 포괄적으로 현물출자하여 사업의 동일성이 상실됨이 없이 법인을 설립하는 경우에는 법 제6조 제6항 제2호에 규정하는 사업의 양도에 해당한다.

□ 부가가치세법 기본통칙 9-21-1【현물출자재화의 공급시기】

사업자가 재화를 법인에 현물출자하는 경우에는 현물출자로서의 이행이 완료되는 때를 그 공급시기로 본다. 이 경우 이행이 완료되는 때라 함은 상법 제295조 제2항의 규정에 의하여 출자의 목적인 재산을 인도하는 때이며, 등기ㆍ등록 기타 권리의 설정 또는 이전을 요할 경우에는 이에 관한 서류를 완비하여 교부하는 때를 말한다.

□ 부가가치세법 기본통칙 6-14-2【출자지분의 과세】

출자자가 자기의 출자지분을 타인에게 양도하거나 법인 또는 공동사업자가 출자지분을 현금으로 반환하는 것은 재화의 공급에 해당하지 아니하는 것이나, 법인 또는 공동사업자가 출자지분을 현물로 반환하는 것은 재화의 공급에 해당한다.

(2) 부가가치세 과세표준의 계산

□ 부가가치세법 제13조【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가

3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가

4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가

② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

1. 에누리액

2. 환입된 재화의 가액

3. 공급받는 자에게 도달하기 전에 파손ㆍ훼손 또는 멸실된 재화의 가액

4. 국고보조금과 공공보조금

5. 공급대가의 지급지연으로 인하여 지급받는 이자로서 대통령령이 정하는 연체이자

6. 재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 할인액으로서 대통령령이 정하는 할인액

③ 재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 대손금(貸損金)ㆍ장려금과 이와 유사한 금액은 과세표준에서 공제하지 아니한다.

④ 생략

⑤ 생략

□ 부가가치세법 시행령 제48조【과세표준의 계산】

① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다.

② 외상판매 및 할부판매의 경우에는 공급한 재화의 총가액을 과세표준으로 한다.

③ 장기할부판매의 경우에는 계약에 따라 받기로 한 대가의 각 부분을 과세표준으로 한다.

④ 완성도기준지급 및 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하거나 계속적으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 계약에 따라 받기로 한 대가의 각 부분을 과세표준으로 한다.

⑤ 기부채납의 경우에는 당해 기부채납의 근거가 되는 법률에 의하여 기부채납된 가액(부가가치세가 포함된 경우에는 이를 제외한다)을 과세표준으로 한다.

⑥「공유수면매립법」에 의하여 매립용역을 제공하는 경우에는 동법에 의하여 산정한 당해 매립공사에 소요된 총 사업비를 과세표준으로 한다.

⑦ 통상적으로 용기 또는 포장을 당해 사업자에게 반환할 것을 조건으로 그 용기대금과 포장비용을 공제한 금액으로 공급하는 경우에는 그 용기대금과 포장비용은 과세표준에 포함하지 아니한다.

⑧ 사업자가 보세구역 내에서 보세구역 이외의 국내에 재화를 공급하는 경우에 당해 재화가 법 제8조에 규정하는 수입재화에 해당되어 세관장이 법 제23조 제3항의 규정에 의하여 부가가치세를 징수한 때에는 공급가액 중 법 제13조 제4항에 규정하는 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

⑨ 사업자가 음식ㆍ숙박용역이나 개인서비스용역을 공급하고 그 대가와 함께 받는 종업원(자유직업소득자를 포함한다)의 봉사료를 세금계산서ㆍ영수증 또는 법 제32조의 2의 규정에 의한 신용카드매출전표 등에 그 대가와 구분하여 기재한 경우로서 봉사료를 당해 종업원에 지급한 사실이 확인되는 경우에는 그 봉사료는 과세표준에 포함하지 아니한다. 다만, 사업자가 그 봉사료를 자기의 수입금액에 계상하는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑩ 법 제13조 제2항 제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다.

⑪ 법 제13조 제2항 제5호에서 "대통령령이 정하는 연체이자"라 함은 계약 등에 의하여 확정된 대가의 지급지연으로 인하여 지급받는 연체이자를 말한다.

⑫ 제24조 제1항 제2호 라목의 규정에 의한 위탁가공무역방식으로 수출하는 경우에는 완성된 제품의 인도가액을 과세표준으로 한다.

□ 부가가치세법 시행령 제50조【시가의 기준】

① 법 제13조 제1항 각호에 규정하는 시가는 다음 각호에 정하는 가격으로 한다.

1. 사업자가 특수관계에 있는 자(「소득세법 시행령」제98조 제1항 각호 또는「법인세법 시행령」제87조 제1항 각호에 규정된 자를 말한다. 이하 같다) 외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격

2. 제1호의 규정에 의한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는「소득세법 시행령」제98조 제3항 및 제4항 또는「법인세법 시행령」제89조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격

② 제1항은 법 제6조 제2항 및 제3항에 따라 공급으로 보는 재화의 과세표준의 계산에 관하여 준용한다. 다만, 제15조 제2항에 따라 공급으로 보는 경우에는 제49조 제3항에 따른 해당 취득가액을 과세표준으로 하되, 취득가액에 일정액을 가산하여 공급하는 때에는 그 공급가액을 과세표준으로 하며, 개별소비세ㆍ주세 및 교통ㆍ에너지ㆍ환경세가 부과되는 재화에 대하여는 개별소비세ㆍ주세 및 교통ㆍ에너지ㆍ환경세의 과세표준에 해당 개별소비세ㆍ주세ㆍ교육세ㆍ농어촌특별세 및 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 상당액을 합계한 금액을 과세표준으로 한다.

□ 해결방안 : 부가가치세의 면제를 건의

□ 산학협력단이 기술지주회사에 기술 등을 현물출자하여 법인을 설립하거나 증자를 하는 경우 당해 기술 등에 대하여는 부가가치세를 면제하여 줄 것을 건의하여야 할 것임

□ 건의의 이유

산학협력단은 부가가치세를 기술지주회사에 전가시키기 위해 부가가치세를 거래징수하여 납부하는 한편 기술지주회사가 거래징수당한 부가가치세의 전액을 매출세액에서 공제하거나 환급을 받게 되므로 실질적인 세수의 증가를 초래하지 아니함.

한편, 기술지주회사의 대부분은 산학협력단이 보유하고 있는 기술만으로 설립하는 실정이므로 기술지주회사는 산학협력단에 부가가치세를 지불할 능력이 없으므로 부가가치세의 면세를 추진할 필요성이 있음.

□ 법인세 과세문제

산학협력단이 보유 중인 특허권 등을 기술지주회사에 현물로 출자하는 경우 이는 자산의 양도에 해당하므로 양도차익에 대한 과세문제가 발생할 수 있다.

그러나 법인세법은 비영리법인의 각사업연도 소득에 대한 법인세는 법인세법에서 열거하고 있는 수익사업 등에서 발생한 것에 한하여 과세하는 것으로 규정하고 있는 바, 법인세법에는 수익사업 등의 범위에 특허권 등의 양도차익를 열거하고 있지 아니하므로 법인세의 과세문제는 발생하지 아니하는 것이다.

또한 수익사업 등에서 발생한 소득에 대하여는 법인세법 및 조세특례제한법의 규정에 의하여 고유목적사업준비금을 손금에 산입함으로서 각사업연도 소득에 대한 법인세의 과세를 면할 수 있는 것이다.

(1) 수익사업의 범위

□ 법인세법 제3조【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

2. 「소득세법」제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익

3. 「소득세법」제17조 제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금

4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 제1호 내지 제5호 외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것

③ 외국법인의 각 사업연도의 소득은 제93조의 규정에 의한 국내원천소득(이하 "국내원천소득"이라 한다)으로 한다. 다만, 비영리외국법인의 경우에는 국내원천소득 중 수익사업에서 생기는 소득에 한한다.

□ 법인세법 시행령 제2조【수익사업의 범위】

①「법인세법」(이하 "법"이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

1. 축산업(축산관련서비스업을 포함한다)ㆍ조경수 식재 및 관리서비스업 외의 농업

2. 사업서비스업 중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)

2의 2. 비영리내국법인이 외국에서 영위하는 선급검사용역에 대하여 당해 외국이 법인세를 부과하지 아니하는 경우로서 당해 외국에 본점 또는 주사무소가 있는 비영리외국법인(국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우에 한한다)이 국내에서 영위하는 선급검사용역

3. 교육서비스업 중「유아교육법」에 따른 유치원ㆍ「초ㆍ중등교육법」및「고등교육법」에 의한 학교와「평생교육법」에 의한 원격대학을 경영하는 사업

4. 보건 및 사회복지사업 중「사회복지사업법」에 의한 사회복지사업

5. 연금 및 공제업 중 다음 각목의 사업

가.「국민연금법」에 의한 국민연금사업

나. 특별법에 의하거나 정부로부터 인가 또는 허가를 받아 설립된 단체가 영위하는 사업(기금조성 및 급여사업에 한한다)

6. 사회보장보험업 중「국민건강보험법」에 의한 의료보험사업과「산업재해보상보험법」에 의한 산업재해보상보험사업

7. 주무관청에 등록된 종교단체가 공급하는 용역 중「부가가치세법」제12조 제1항 제16호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업

8. 금융 및 보험관련 서비스업 중 다음 각목의 사업

가.「예금자보호법」에 의한 예금보험기금 및 예금보험기금채권상환기금을 통한 예금보험 및 이와 관련된 자금지원ㆍ채무정리 등 예금보험제도를 운영하는 사업

나.「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」및「수산업협동조합법」에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

다.「새마을금고법」에 의한 예금자보호준비금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

라. 삭 제

마.「신용협동조합법」에 의한 신용협동조합예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

바.「산림조합법」에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

9.「대한적십자사 조직법」에 의한 대한적십자사가 행하는 혈액사업

10.「한국주택금융공사법」에 따른 주택담보노후연금보증계정을 통하여 주택담보노후연금보증제도를 운영하는 사업(보증사업과 주택담보노후연금을 지급하는 사업에 한한다)

11.「국민기초생활 보장법」제2조에 따른 수급권자ㆍ차상위계층 등 기획재정부령으로 정하는 자에게 창업비 등의 용도로 대출하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖춘 사업

12. 비영리법인(사립학교의 신축ㆍ증축, 시설확충, 그밖에 교육환경 개선을 목적으로 설립된 법인에 한한다)이 외국인학교의 운영자에게 학교시설을 제공하는 사업

13. 제1호, 제2호, 제2호의2, 제3호부터 제12호까지의 규정과 비슷한 사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업

② 법 제3조 제2항 제5호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

③ 법 제3조 제2항 제6호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은「소득세법」제46조 제1항의 규정에 의한 채권 등(그 이자소득에 대하여 법인세가 비과세되는 것을 제외한다)을 매도함에 따른 매매익(채권 등의 매각익에서 채권 등의 매각손을 차감한 금액을 말한다)을 말한다. 다만, 제2조 제1항 제8호에 규정된 사업에 귀속되는 채권 등의 매매익을 제외한다.

□ 법인세법 시행규칙 제1조【수익사업의 범위】

「법인세법 시행령」(이하 "영"이라 한다) 제2조 제1항 본문의 규정에 의한 사업은 그 사업활동이 각 사업연도의 전기간에 걸쳐 계속하여 행하여지는 사업 외에 상당기간에 걸쳐 계속적으로 행하여지거나 정기적 또는 부정기적으로 상당회수에 걸쳐 행하여지는 사업을 포함하는 것으로 한다.

□ 법인세법 기본통칙

3-2…1【수익사업에서 생긴 소득의 범위】

① 법 제3조 제2항의 수익사업에서 생긴 소득이라 함은 당해 사업에서 생긴 주된 수입금액 및 이와 직접 관련하여 생긴 부수수익의 합계액에서 당해 사업수익에 대응하는 손비를 공제한 소득을 말한다.

② 제1항에서 "부수수익"이라 함은 수익사업과 관련하여 부수적으로 발생하는 수익으로서 예시하면 다음과 같다.

1. 부산물, 작업폐물 등의 매출액 및 역무제공에 의한 수입 등과 같이 기업회계관행상 영업수입금액에 포함하는 금액

2. 수익사업과 관련하여 발생하는 채무면제익, 외환차익, 매입할인, 원가차익 및 상각채권추심이익 등

3. 수익사업과 관련하여 지출한 손금 중 환입된 금액

4. 수익사업의 손금에 산입한 제준비금 및 충당금 등의 환입액

5. 수익사업용 자산의 멸실 또는 손괴로 인하여 발생한 보험차익

6. 수익사업에 속하는 수입금액의 회수지연으로 인하여 받은 연체이자 또는 연체료수입(수익사업과 관련된 계약의 위약, 해약으로 받는 위약금과 배상금 등을 포함한다)

3-2…3【수익사업과 비수익사업의 구분】

비영리내국법인의 수익사업과 비수익사업은 해당 사업 또는 수입의 성질을 기준으로 구분한다. 수익사업에 속하는 것과 비수익사업에 속하는 것을 예시하면 다음과 같다.

1. 수익사업에 속하는 것

가. 학교법인의 임야에서 발생한 수입과 임업수입

나. 학교부설연구소의 원가계산 등의 용역수입

다. 학교에서 전문의를 고용하여 운영하는 의료수입

라. 주무관청에 등록된 종교단체 등의 임대수입. 다만, 영 제2조 제1항 제7호에 해당되는 경우는 제외한다.

마. 전답을 대여 또는 이용하게 함으로써 생긴 소득

바. 정기간행물 발간사업. 다만, 특별히 정해진 법률상의 자격을 가진 자를 회원으로 하는 법인이 그 대부분을 소속회원에게 배포하기 위하여 주로 회원의 소식, 기타 이에 준하는 내용을 기사로 하는 회보 또는 회원명부(이하 "회보 등"이라 한다)발간사업과 학술, 종교의 보급, 자선, 기타 공익을 목적으로 하는 법인이 그 고유목적을 달성하기 위하여 회보 등을 발간하고 이를 회원 또는 불특정 다수인에게 무상으로 배포하는 것으로서 통상 상품으로 판매되지 아니하는 것은 제외한다.

사. 광고수입

아. 회원에게 실비제공하는 구내식당 운영수입

자. 급수시설에 의한 용역대가로 받는 수입

차. 운동경기의 중계료, 입장료

카. 회원에게 대부한 융자금의 이자수입

타. 유가증권대여로 인한 수수료수입

파. 조합공판장 판매수수료수입

하. 교육훈련에 따른 수입료수입

2. 비수익사업에 속하는 것

가. 징발보상금

나. 일시적인 저작권의 사용료로 받은 인세수입

다. 회원으로부터 받는 회비 또는 추천수수료(간행물 등의 대가가 포함된 경우에는 그 대가상당액을 제외한다)

라. 외국원조수입 또는 구호기금수입

마. 업무와 직접 관계없이 타인으로부터 무상으로 받은 자산의 가액

3-2…6【교육서비스업의 범위】

영 제2조 제1항 제3호의 규정 중 "초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교와 평생교육법에 의한 원격대학을 경영하는 사업"이라 함은 같은법에 의한 교육과정에 따라 실시하는 교육서비스업을 말하는 것으로 평생교육법에 의한 학교부설 평생교육기관인 전산정보교육원 등의 운영과 관련된 교육서비스업은 이에 해당되지 아니한다.

(2) 고유목적사업준비금

□ 법인세법 제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업 등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1.「소득세법」제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 따른 이자소득금액 및 동법 제17조 제1항 제5호의 규정에 따른 투자신탁의 이익

2.「소득세법」제17조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제6호의 규정에 의한 배당소득금액. 다만,「상속세 및 증여세법」제16조 또는 같은법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식 등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다.

3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

4. 제1호 내지 제3호 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 비영리내국법인이 제1항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업 등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다.

1. 해산한 때

2. 고유목적사업을 전부 폐지한 때

3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」제13조 제3항의 규정에 의하여 승인취소되거나 거주자로 변경된 때

4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때(5년 내 사용하지 아니한 잔액에 한한다)

④ 제3항 제4호의 규정에 의하여 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 당해 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다.

⑤ 제1항의 규정은 이 법 또는 다른 법률에 의하여 감면 등을 적용받는 경우로서 대통령령이 정하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

⑥ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 준비금의 계상 및 지출에 관한 명세서를 비치ㆍ보관하고 이를 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑦ 제1항의 규정에 의한 고유목적사업의 범위, 수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 법인세법 시행령 제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 법 제29조 제1항 본문 중 "대통령령이 정하는 단체"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 단체를 말한다.

1. 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체

2. 삭 제

3. 법령에 의하여 설치된 기금

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이자소득금액은 법 제29조 제1항 제1호의 금액으로 본다.

1. 금융보험업을 영위하는 비영리내국법인이 한국표준산업분류상 금융보험업을 영위하는 법인에 일시적으로 자금을 예치함에 따라 발생하는 이자소득금액

2. 제2조 제1항 제5호 나목에 따른 사업을 영위하는 자가 자금을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액

3.「한국주택금융공사법」에 따른 주택금융신용보증기금이 동법 제43조의 8 제1항 및 제2항에 따른 보증료의 수입을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액

③ 법 제29조 제1항 제4호에서 "수익사업에서 발생한 소득"이라 함은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조 제2항 및「조세특례제한법」제73조 제1항의 규정에 의한 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액 및 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금과 법 제24조 제2항 및「조세특례제한법」제73조 제1항의 규정에 의한 기부금을 차감한 금액을 말한다.

④ 삭 제

⑤ 법 제29조 제1항에서 "고유목적사업"이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말한다.

⑥ 법 제29조 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.

1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액 (2006.2.9. 개정)

2. 특별법에 의하여 설립된 법인(당해 법인에 설치되어 운영되는 기금 중「국세기본법」제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험ㆍ연금관리ㆍ공제사업 및 제2조 제1항 제8호에서 규정된 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액

3. 의료업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)이 의료기기 등 기획재정부령이 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는

4.「농업협동조합법」에 의한 농업협동조합중앙회가 법 제61조 제1항의 규정에 의하여 계상한 고유목적사업준비금을 회원에게 무상으로 대여하는 금액

5.「농업협동조합법」에 의한 농업협동조합중앙회가「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액

6.「수산업협동조합법」에 의한 수산업협동조합중앙회가「수산업협동조합의 구조개선에 관한 법률」에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액

7.「신용협동조합조합법」에 의한 신용협동조합중앙회가 동법에 의한 신용협동조합예금자보호기금에 출연하는 금액

8.「새마을금고법」에 의한 새마을금고연합회가 동법에 의한 예금자보호준비금에 출연하는 금액

9.「산림조합법」에 의한 산림조합중앙회가 동법에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액

⑦ 법 제29조 제4항에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이라 함은 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 고유목적사업준비금의 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 그 잔액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세액의 차액

2. 손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율

⑧ 법 제29조 제5항에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 당해 비영리 내국법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 법 또는「조세특례제한법」에 따른 비과세ㆍ면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는 세액감면(세액공제를 제외한다)을 적용받는 경우를 말한다. 다만, 고유목적사업준비금만을 적용받는 것으로 수정신고한 경우를 제외한다.

⑨ 법 제29조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑩ 제6항 제3호의 규정을 적용받고자 하는 의료법인은 손금으로 계상한 고유목적사업준비금상당액을 기획재정부령이 정하는 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다.

□ 법인세법 시행규칙 제29조의 2【의료기기 등의 범위】

① 영 제56조 제6항 제3호에서 "의료기기 등 기획재정부령이 정하는 고정자산"이라 함은 다음 각 호의 자산을 말한다.

1. 병원 건물 및 부속토지

2.「의료기기법」에 따른 의료기기

3.「보건의료기본법」에 따른 보건의료정보의 관리를 위한 정보시스템 설비

② 영 제56조 제10항에서 "기획재정부령이 정하는 의료발전회계"라 함은 고유목적사업준비금의 적립 및 지출에 관하여 다른 회계와 구분하여 독립적으로 경리하는 회계를 말한다.

□ 법인세법 기본통칙

29-56…2【고유목적사업준비금의 손금산입대상 소득의 범위】

법 제29조 제1항 제4호에서 규정하는 "수익사업에서 발생한 소득"에는 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 당해 준비금을 동법 동조 제3항 제4호에서 정한 기한 내에 고유목적사업 또는 지정기부금에 사용하지 아니함으로써 익금에 산입한 금액을 포함한다.

29-56…3【고유목적사업준비금 한도초과액의 처리】

법 제29조 제1항 규정의 범위액을 초과하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금으로서 각 사업연도의 소득금액계산시 손금불산입된 금액은 그 이후의 사업연도에 있어서 이를 손금으로 추인할 수 없다. 다만, 동 금액을 환입하여 수익으로 계상한 경우에는 이를 이월익금으로 보아 익금에 산입하지 아니한다.

29-56…4【고유목적사업준비금의 사용기준】

법 제29조 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산취득에 지출한 비용은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 본다.

29-56…5【고유목적사업준비금의 임의환입】

① 법 제29조의 규정에 의한 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 동조 제3항 제4호의 기한이 경과되기 전에 당해 준비금을 환입계상한 경우에는 이를 환입한 사업연도의 익금으로 본다.

② 제1항에서 익금으로 보는 고유목적사업준비금 환입액에 대하여는 법 제29조 제4항의 규정을 적용한다.

29-56…6【의료발전회계의 처리방법】

① 의료법인이 의료기기 등 규칙 제29조의 2에서 규정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 당해 법인의 선택에 따라 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 경리할 수 있다.

② 제1항의 규정에 따라 지출하는 금액은 영 제56조 제9항의 규정에 따라 의료발전회계로 구분경리하여야 하며, 이에 대한 세무상 처리방법은 아래와 같다.

구 분	병원회계(수익사업)				의료발전회계
	차 변		대 변		차 변		대 변
100 전입시	고유목적사업준비금전입	100	고유목적사업준비금	100
100 구입시	자산 고유목적사업준비금	100 100	현금 의료발전준비금	100 100	자 산(별 도 관 리)	100	의료발전준비금	100
20 감가상각시	감가상각비 의료발전준비금	20 20	감가상각누계액 의료발전준비금환입 (익 금)	20 20	의료발전준비금	20	자산	20
50 처분시	현금 감가상각누계액 유형자산처분손실 의료발전준비금	50 20 30 80	자산 의료발전준비금 (익 금)	100 80	의료발전준비금	80	자산	80

29-56…7【고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 지출하는 금액의 처리】

비영리내국법인이 당해 법인의 고유목적사업이나 지정기부금으로 지출하는 금액은 법 제29조 제1항의 규정에 의하여 계상한 고유목적사업준비금과 상계하여야 한다. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 지출한 금액은 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보는 것이므로, 당해 사업연도의 고유목적사업준비금의 손금산입범위를 초과하여 지출하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.

29-56…8【고유목적사업에 대한 지출로 보는 의료기기의 범위】

국민건강보험법에 의한 요양급여 대상질환 및 비급여 대상질환의 치료에 공동으로 사용되는 의료기기의 경우에도 규칙 제29조의 2 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 "국민건강보험법에 의한 요양급여의 적용대상이 되는 의료기기"에 포함된다.

□ 조세특례제한법 제74조【고유목적사업준비금의 손금산입특례】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 「법인세법」제29조의 규정을 적용하는 경우 동법 동조 제1항 제4호의 규정에 불구하고 당해 법인의 수익사업(제5호 및 제6호의 경우에는 당해 사업과 당해 사업시설 안에서 동 시설을 이용하는 자를 대상으로 영위하는 수익사업에 한한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

1. 사립학교법에 의한 학교법인, 산업교육진흥및산학협력촉진에관한법률에 의한 산학협력단 및 평생교육법에 의한 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는 민법 제32조에 의한 비영리법인

2. 사회복지사업법에 의한 사회복지법인

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

가.「국립대학병원설치법」에 따른 국립대학병원

나.「서울대학교병원설치법」에 따른 서울대학교병원

다.「서울대학교치과병원 설치법」에 따른 서울대학교치과병원

라.「국립암센터법」에 따른 국립암센터

마.「지방의료원의 설립 및 운영에 관한법률」에 따른 지방의료원

바.「대한적십자사 조직법」에 따른 대한적십자사가 운영하는 병원

4. 삭 제

5. 도서관및독서진흥법에 의하여 등록한 도서관을 운영하는 법인

6.「박물관 및 미술관진흥법」에 의하여 등록한 박물관 또는 미술관을 운영하는 법인

7. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 문화예술단체로서 대통령령이 정하는 법인

8 - 12. 삭 제

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 「법인세법」제29조를 적용하는 경우 당해 법인의 수익사업에서 발생한 소득 중 대통령령이 정하는 금액을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

1. 농업협동조합법에 의하여 설립된 농업협동조합중앙회

2. 수산업협동조합법에 의하여 설립된 수산업협동조합중앙회

3. 산림조합법에 의하여 설립된 산림조합중앙회

③「국가재정법」별표 2에서 규정하는 법률에 의하여 설립된 기금을 관리ㆍ운용하는 법인 중 대통령령이 정하는 비영리법인이 당해 기금에서 취득한「증권거래법」에 의한 주권상장법인 및 코스닥상장법인의 주식을 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 양도함에 따라 소득이 발생한 경우「법인세법」제29조 제1항 제4호의 규정에 불구하고 당해 소득 전액을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

□ 조세특례제한법 시행령 제70조【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 법 제74조 제1항 제7호에서 "대통령령이 정하는 법인"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 법인을 말한다.

1.「지방문화원진흥법」에 의하여 주무부장관의 인가를 받아 설립된 지방문화원

2.「문화예술진흥법」제23조의 2의 규정에 의한 예술의 전당

3. 기타 문화예술단체로서 기획재정부령이 정하는 법인

② 법 제74조 제2항에서 "대통령령이 정하는 금액"이라 함은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액에서「법인세법 시행령」제18조 제1항의 규정에 의한 이월결손금을 차감한 금액의 100분의 70을 말한다.

③ 법 제74조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 동조 동항 제1호의 규정에 의한 농업협동조합중앙회가「농어촌발전특별조치법」제12조의 규정에 의한 생산조정 또는 출하조정약정의 이행에 따른 손실보전을 목적으로 적립하는 금액은 이를 고유목적사업준비금으로 본다.

④ 법 제74조 제3항에서 "대통령령이 정하는 비영리법인"이라 함은「국가재정법」별표 2에 규정된 법률에 의하여 설치된 기금 중 당해 법률에서 주식의 취득 및 양도가 허용된 기금을 관리ㆍ운용하는 비영리법인을 말한다.

□ 상속세 및 증여세 과세문제

산학협력단은 비영리법인으로서 상속세 및 증여세법상 공익법인에 해당한다. 따라서 산학협력단이 동일기업의 의결권 있는 주식 또는 출자지분을 5%를 초과하여 출연을 받거나 취득하는 경우 그 초과하여 출연을 받거나 취득하는 주식 등에 대하여 상속세 또는 증여세를 과세하도록 규정하고 있다.

다만, 2007년 12월에 일정요건을 갖춘 산학협력단이 기술지주회사에 출자하는 경우에는 예외를 인정하도록 세법을 개정하여 기술지주회사에 대한 지원을 하고 있으므로 5%를 초과하는 주식 등에 대하여 상속세 및 증여세가 과세되지 아니하기 위해서는 세법상 요건을 충족하여야 할 것이다.

이에 대한 관련규정 및 세제개편안을 보면 다음과 같다.

(1) 상속세 과세가액 불산입

□ 상속세 및 증여세법 제16조【공익법인 등의 출연재산에 대한 상속세 과세가액 불산입】

① 상속재산 중 피상속인 또는 상속인이 종교ㆍ자선ㆍ학술 기타 공익을 목적으로 하는 사업을 영위하는 자(이하 "공익법인 등"이라 한다)에게 출연한 재산의 가액에 대하여는 제67조의 규정에 의한 신고기한(상속받은 재산을 출연하여 공익법인 등을 설립하는 경우로서 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 종료된 날부터 6월을 말한다) 이내에 출연한 경우에 한하여 상속세과세가액에 산입하지 아니한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 내국법인의 의결권있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조와 제48조ㆍ제49조 및제78조 제4항ㆍ제7항에서 "주식 등"이라 한다)을 출연하는 경우로서 출연하는 주식 등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식 등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수 또는 출자총액(이하 이 조와 제48조ㆍ제49조 및 제63조 제3항에서 "발행주식총수 등"이라 한다)의 100분의 5[대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인 등으로서 제50조 제3항에 따른 외부감사, 제50조의 2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용과 제50조의 3에 따른 결산서류 등의 공시를 이행하는 공익법인 등(이하 "성실공익법인 등"이라 한다)에 출연하는 경우에는 100분의 10]를 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세과세가액에 산입한다. 다만, 제49조 제1항 각호 외의 부분 단서에 해당하는 것으로서 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제9조의 규정에 의한 상호출자제한기업집단(이하 "상호출자제한기업집단"이라 한다)과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인 등에 당해 공익법인 등의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식 등을 출연하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 출연자가 출연할 당시 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등

2. 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 당해 공익법인 등 외의 다른 공익법인 등에 출연한 동일한 내국법인의 주식 등

③ 제1항의 규정에 의하여 상속세과세가액에 산입하지 아니한 재산 및 그 재산에서 생기는 이익의 전부 또는 일부가 상속인 및 그와 특수관계에 있는 자에게 귀속되는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 상속인 및 그와 특수관계에 있는 자가 상속받은 것으로 보아 당해 상속세과세가액에 산입하여 즉시 상속세를 부과한다.

④ 제1항 내지 제3항에 규정된 공익법인 등의 범위, 상속재산의 출연방법, 발행주식 총수 등의 100분의 5(성실공익법인 등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 가액의 계산방법, 성실공익법인 등의 판정방법, 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인 등의 범위, 당해 공익법인 등의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 범위, 출연자와 특수관계에 있는 자의 범위, 상속인과 특수관계에 있는 자의 범위 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 상속세 및 증여세법 시행령 제12조【공익법인 등의 범위】

법 제16조 제1항에서 "공익법인 등"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 자(이하 "공익법인 등"이라 한다)를 말한다.

1. 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업

2.「초ㆍ중등교육법」및「고등교육법」에 의한 학교,「유아교육법」에 따른 유치원을 설립ㆍ경영하는 사업

3.「사회복지사업법」에 의한 사회복지법인이 운영하는 사업

4.「의료법」또는「정신보건법」의 규정에 의한 의료법인 또는 정신의료법인이 운영하는 사업

5.「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」의 적용을 받는 공익법인이 운영하는 사업

6. 예술 및 문화에 현저히 기여하는 사업 중 영리를 목적으로 하지 아니하는 사업으로서 관계행정기관의 장의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하는 사업

7. 공중위생 및 환경보호에 현저히 기여하는 사업으로서 영리를 목적으로 하지 아니하는 사업

8. 공원 기타 공중이 무료로 이용하는 시설을 운영하는 사업

9.「법인세법 시행령」제36조 제1항 제1호 각목의 규정에 의한 지정기부금단체 등 및「소득세법 시행령」제80조 제1항 제5호에 따른 기부금대상민간단체가 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업을 제외한다.

10. 제1호 내지 제5호ㆍ제7호 또는 제8호와 유사한 사업으로서 기획재정부령이 정  하는 사업

□ 상속세 및 증여세법 시행령 제13조【공익법인 출연재산에 대한 출연방법 등】

① 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 상속세과세가액에 산입하지 아니하는 재산은 법 제67조의 규정에 의한 상속세과세표준신고기한(이하 "상속세과세표준신고기한"이라 한다)까지 그 출연을 이행하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 종료된 날부터 6월까지 그 출연을 이행하여야 한다.

1. 재산의 출연에 있어서 법령상 또는 행정상의 사유로 출연재산의 소유권의 이전이 지연되는 경우

2. 상속받은 재산을 출연하여 공익법인 등을 설립하는 경우로서 법령상 또는 행정상의 사유로 공익법인 등의 설립허가 등이 지연되는 경우

② 법 제16조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 상속인이 공익법인 등에 상속재산을 출연하는 경우에는 다음 각호의 요건을 갖춘 경우로 한다.

1. 상속인의 의사(상속인이 2인 이상인 경우에는 상속인들의 합의에 의한 의사로 한다)에 따라 상속받은 재산을 제1항의 규정에 의한 기한까지 출연할 것

2. 상속인이 제1호의 규정에 의하여 출연된 공익법인 등의 이사현원(5인에 미달하는 경우에는 5인으로 본다)의 5분의 1을 초과하여 이사가 되지 아니하여야 하며, 이사의 선임 등 공익법인 등의 사업운영에 관한 중요사항을 결정할 권한을 가지지 아니할 것

③ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인 등"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인 등을 말한다.

1. 해당 공익법인 등의 운용소득(제38조 제5항에 따른 운용소득을 말한다)의 100분의 90 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인 등

2. 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인 등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자는 제외한다) 또는 그와 특수관계에 있는 자(제19조 제2항 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 "주주 등 1인"은 "출연자"로 본다)가 공익법인 등의 이사 현원(이사 현원이 5명에 미달하는 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 아니하는 공익법인 등

④ 제3항 제1호를 적용함에 있어서 직접 공익목적사업에 사용한 실적 및 기준금액에 관하여는 제38조 제6항을 준용한다.

⑤ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에 따른 성실공익법인 등(이하 "성실공익법인 등"이라 한다)은 주식 등의 출연일 또는 취득일 현재를 기준으로 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인 등을 말한다.

1. 법 제50조 제3항에 따라 외부감사를 이행한 공익법인 등

2. 법 제50조의 2에 따라 전용계좌를 개설하여 사용하고 있는 공익법인 등

3. 법 제50조의 3에 따라 결산서류 등의 공시를 이행한 공익법인 등

4. 제3항에 해당하는 공익법인 등

⑥ 법 제16조 제2항 각호 외의 부분 단서에서 "「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제9조의 규정에 의한 상호출자제한기업집단(이하 "상호출자제한기업집단"이라 한다)과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인 등"이라 함은「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제9조의 규정에 의한 상호출자제한기업집단(이하 "상호출자제한기업집단"이라 한다)에 속하는 법인과 동법 시행령 제3조 제1호의 규정에 의한 동일인관련자의 관계에 있지 아니하는 공익법인 등을 말한다.

⑦ 법 제16조 제2항 각호 외의 부분 단서에서 "당해 공익법인 등의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 내국법인을 말한다.

1. 출연자(출연자가 사망한 경우에는 그 상속인을 말한다. 이하 이 조, 제37조 제2항ㆍ제4항 및 제38조 제10항에서 같다) 또는 그와 특수관계에 있는 자(출연자와 제9항 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말하되, 당해 공익법인 등을 제외한다)가 주주 등이거나 임원(「법인세법 시행령」제43조 제6항의 규정에 의한 임원과 퇴직 후 5년이 경과하지 아니한 그 임원이었던 자를 말한다. 이하 같다)의 현원(5인에 미달하는 경우에는 5인으로 본다. 이하 이 항에서 같다) 중 5분의 1을 초과하는 내국법인으로서 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자(출연자와 제9항 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다. 이하 이 항에서 같다)가 보유하고 있는 주식 등의 합계가 가장 많은 내국법인

2. 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자(당해 공익법인 등을 제외한다)가 주주 등이거나 임원의 현원 중 5분의 1을 초과하는 내국법인에 대하여 출연자, 그와 특수관계에 있는 자 및 공익법인 등 출자법인(당해 공익법인 등이 발행주식총수 등의 100분의 5(성실공익법인 등인 경우에는 100분의 10)를 초과하여 주식 등을 보유하고 있는 내국법인을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 보유하고 있는 주식 등의 합계가 가장 많은 경우에는 당해 공익법인 등 출자법인(출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 보유하고 있는 주식 등의 합계가 가장 많은 경우에 한한다)

⑧ 법 제16조 제2항 각호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"라 함은 주무부장관이 공익법인 등의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 인정하는 경우를 말한다.

⑨ 법 제16조 제2항 제2호에서 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 다른 공익법인 등에 출연한 동일한 내국법인의 주식 등에는 상속인과 출연당시 다음 각호의 1의 관계에 있는 자가 재산을 출연한 다른 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등을 포함한다.

1.「국세기본법 시행령」제20조 제1호 내지 제8호에 해당하는 자 및 직계비속의 배우자의 2촌 이내의 부계혈족과 그 배우자(이하 "친족"이라 한다)

2. 기획재정부령이 정하는 사용인(출자에 의하여 지배하고 있는 법인의 사용인을 포함한다. 이하 같다)이나 사용인 외의 자로서 상속인의 재산으로 생계를 유지하는 자

3. 제19조 제2항 제3호 내지 제8호의 1에 해당하는 자. 이 경우 "주주 등 1인"은 "상속인"으로 본다.

⑩ 법 제16조 제3항에서 "상속인과 특수관계에 있는 자"라 함은 상속인과 제9항 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다.

1. 제19조 제2항 제6호에 해당하는 법인

2. 제19조 제2항 제7호에 해당하는 법인

3. 제1호 또는 제2호의 법인과 제19조 제2항 제1호 내지 제5호에 해당하는 자가 발행주식총수 등의 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인

⑪ 제9항 제2호 및 제39조 제1항에서 "출자에 의하여 지배하고 있는 법인"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

1. 제19조 제2항 제6호에 해당하는 법인

2. 제19조 제2항 제7호에 해당하는 법인

3. 제1호 또는 제2호의 법인과 제19조 제2항 제1호 내지 제5호에 해당하는 자가 발행주식총수 등의 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인

⑫ 법 제16조 제3항에서 "대통령령이 정하는 가액"이라 함은 상속인 및 제9항에 따른 자에게 귀속되는 재산의 가액 또는 이익에 대하여 상속개시일 현재 법 제4장의 규정에 의하여 평가한 가액을 말한다.

□ 상속세 및 증여세법 시행규칙 제3조【공익법인 등의 범위】

영 제12조 제10호에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1.「산업기술혁신 촉진법」제42조에 따라 허가받은 한국전자파연구원이 동법 제42조 제3항에 따라 운영하는 사업

2.「중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률」에 의한 중소기업진흥공단이 운영하는 사업으로서 같은 법 제74조 제1항 제20호에 따른 사업

3.「한국과학기술원법」기타 특별법에 의하여 설립되었거나 육성되는 법인이 운영하는 사업으로서「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률 시행령」제2조에 해당하는 사업

4.「조세특례제한법」제73조 제1항 각 호(제3호를 제외한다) 및「법인세법」제24조 제2항 제4호 나목에 따라 기부금을 받은 자가 당해 기부금으로 운영하는 사업

5 - 10. 삭 제

11.「상공회의소법」에 의한 대한상공회의소가「근로자직업능력 개발법」에 따라 운영하는 직업능력개발사업 및「유통산업발전법」제2조 제1호에 따른 유통산업을 지원하는 사업

12.「중소기업 협동조합법」에 의한 중소기업협동조합중앙회가 운영하는 중소기업연수사업ㆍ중소기업상품전시사업(국외의 전시장 설립 및 박람회참가사업을 포함한다) 및「정보화촉진 기본법 시행규칙」제2조 제2호 내지 제4호의 규정에 의한 정보자원관련사업

13.「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 의한 산업단지관리공단 및 한국산업단지공단이「사회복지사업법」에 의하여 운영하는 사회복지사업

14. 삭 제

15.「지역균형개발 및 지방중소기업 육성에 관한 법률」에 의한 지역중소기업종합지원센터가 운영하는 지방중소기업지원사업

16. 삭 제

17.「근로자복지기본법」에 의한 근로자복지진흥기금이 출연하여 설립한 비영리법인으로서「민법」제32조의 규정에 의하여 주무부장관의 허가를 받아 설립된 영유아보육시설이 운영하는 사업

18.「보험업법」제175조에 따른 보험협회가 생명보험 사회공헌사업 추진을 위한 협약에 따라 사회공헌기금 등을 통하여 수행하는 사회공헌사업

19 - 29. 삭 제

□ 상속세 및 증여세법 기본통칙

16-13…2【공익법인 등에의 출연시기 및 출연시한】

① 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 공익법인 등에 출연한 재산의 출연시기는 동 공익법인 등이 출연재산을 취득하는 때를 말한다.

② 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 공익법인 등에 출연한 재산은 상속세신고기한까지 공익법인 등에 그 출연을 이행(권리의 이전이나 그 행사에 등기ㆍ등록 등을 요하는 출연재산의 경우에는 등기ㆍ등록에 의하여 소유권이 이전된 것을 말한다)하여야 한다. 다만, 법령상 또는 행정상의 정당한 사유로 인하여 설립허가 등이 지연되는 경우에는 그 사유가 종료된 날부터 6월 이내에 그 출연을 이행하여야 한다.

16-13…3【이사선임 요건 등을 위배한 출연에 대한 상속세과세】

상속인이 공익법인 등의 이사 등에서 물러난 후 상속세신고기한 내에 상속재산을 당해 공익법인 등에 출연하는 경우에도 법 제16조 제1항의 규정에 따라 출연된 재산가액은 이를 상속세과세가액에 산입하지 아니한다.

16-13…4【출연자의 사용인 범위】

① 상장법인의 대표이사로 있는 자 또는 주주가 출연한 공익법인 등에 그 상장법인의 사용인(임원을 포함한다)이 이사가 되는 경우에 그 이사는 영 제13조 제4항 제2호에 규정하는 출연자의 사용인으로 보지 아니한다.

② 영 제13조 제2항 제2호에 규정된 이사에는 이사회의 의결권을 갖지 아니하는 감사는 포함하지 아니한다.

(2) 증여세 과세가액 불산입

□ 상속세 및 증여세법 제48조【공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액불산입 등】

① 공익법인 등이 출연받은 재산의 가액은 증여세과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인 등이 내국법인의 주식 등을 출연받은 경우로서 출연받은 주식 등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식 등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수 등의 100분의 5(성실공익법인 등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우(제16조 제2항 각호 외의 부분 단서의 규정에 해당하는 경우를 제외한다)에는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 계산한 초과부분을 제외한다.

1. 출연자가 출연할 당시 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등

2. 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 당해 공익법인 등 외의 다른 공익법인 등에 출연한 동일한 내국법인의 주식 등

② 세무서장 등은 제1항 및 제16조 제1항의 규정에 의하여 재산을 출연받은 공익법인 등이 다음 제1호 내지 제4호 및 제5호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제4호의 2에 해당하는 경우에는 제78조 제9항의 규정에 의한 가산세를 부과한다. 다만, 불특정다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액의 산정이 어려운 재산으로서 대통령령이 정하는 재산을 제외한다.

1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다) 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 그 사용에 장기간을 요하는 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항의 규정에 의한 보고서의 제출과 함께 납세지관할세무서장에게 그 사실을 보고한 경우를 제외한다.

2. 출연받은 재산(당해 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다)을 내국법인의 주식 등을 취득하는데 사용하는 경우로서 취득하는 주식 등과 다음 각 목의 어느 하나의 주식 등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수 등의 100분의 5(성실공익법인 등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우. 다만, 제49조 제1항 각호 외의 부분 단서에 해당하는 것으로서 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인 등이 당해 공익법인 등의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식 등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우와「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 대통령령으로 정하는 주식 등을 취득하는 경우에는 그러하지 아니하다.

가. 취득당시 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등

나. 당해 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 당해 공익법인 등 외의 다른 공익법인 등에 출연한 동일한 내국법인의 주식 등

3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용한 경우

4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하며 대통령령이 정하는 공과금 등을 제외한다)을 공익목적사업 외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우

4의 2. 제3호의 규정에 의한 운용소득을 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용하거나 제4호의 규정에 의한 매각대금을 매각한 날부터 3년의 기간 중 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우

5. 기타 출연받은 재산 및 직접 공익목적사업의 운용에 있어서 대통령령이 정하는 바에 의하여 운용하지 아니하는 경우

③ 제1항의 규정에 의하여 공익법인 등이 출연받은 재산 등을 다음 각호의 1에 해당하는 자에게 당해 재산의 임대차ㆍ소비대차 및 사용대차 등의 방법으로 사용ㆍ수익하게 하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다. 다만, 공익법인 등의 직접 공익목적사업과 관련하여 용역을 제공받고 정상적인 대가를 지급하는 등 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 출연자 및 그 친족

2. 출연자가 출연한 다른 공익법인 등

3. 제1호 및 제2호와 특수관계에 있는 자

④ 제1항 내지 제3항 및 제8항의 규정을 적용함에 있어서 특수관계에 있는 자의 범위, 직접 공익목적사업에의 사용 여부의 판정기준, 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인 등의 범위, 당해 공익법인 등의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 범위, 특수관계에 있는 출연자의 범위 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑤ 제1항 및 제16조 제1항의 규정에 의하여 공익법인 등이 재산을 출연받은 경우에는 그 출연받은 재산의 사용에 대한 계획 및 진도에 관한 보고서를 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑥ 세무서장은 공익법인 등에 대하여 상속세 또는 증여세를 부과하는 경우에는 당해 공익법인 등의 주무관청에 그 사실을 통보하여야 한다.

⑦ 공익법인 등의 주무관청은 공익법인 등에 대하여 설립허가, 설립허가의 취소 또는 시정명령을 하거나 감독의 결과 제1항 단서ㆍ제2항 및 제3항에 해당하는 사실을 발견한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 공익법인 등의 납세지관할세무서장에게 그 사실을 통보하여야 한다.

⑧ 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 대통령령이 정하는 공익법인 등의 이사 현원(이사 현원이 5인에 미달하는 경우에는 5인으로 본다)의 5분의 1을 초과하여 이사가 되거나, 당해 공익법인 등의 임ㆍ직원(이사를 제외한다. 이하 같다)으로 되는 경우에는 제78조 제6항의 규정에 의한 가산세를 부과한다.

⑨ 공익법인 등(제49조 제1항 단서의 규정에 해당하는 공익법인 등을 제외한다)이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 내국법인의 주식 등을 보유하는 경우로서 당해 내국법인의 주식 등의 가액이 총재산가액의 100분의 30을 초과하는 때에는 제78조 제7항의 규정에 의한 가산세를 부과한다. 이 경우 그 초과하는 내국법인의 주식 등의 가액의 산정에 관하여는 대통령령으로 정한다.

⑨ 공익법인 등(국가ㆍ지방자치단체가 설립한 공익법인 등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 공익법인 등과 성실공익법인 등을 제외한다)이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 내국법인의 주식 등을 보유하는 경우로서 당해 내국법인의 주식 등의 가액이 총재산가액의 100분의 30(제50조 제3항에 따른 외부감사, 제50조의 2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용과 제50조의 3에 따른 결산서류 등의 공시를 이행하는 공익법인 등에 해당하는 경우에는 100분의 50)을 초과하는 때에는 제78조 제7항의 규정에 의한 가산세를 부과한다. 이 경우 그 초과하는 내국법인의 주식 등의 가액의 산정에 관하여는 대통령령으로 정한다.

⑩ 공익법인 등이 특수관계에 있는 내국법인의 이익을 증가시키기 위하여 정당한 대가를 받지 아니하고 광고ㆍ홍보를 하는 경우에는 제78조 제8항의 규정에 의한 가산세를 부과한다. 이 경우 특수관계에 있는 내국법인의 범위, 광고ㆍ홍보의 방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑪ 공익법인 등의 주식 등의 출연ㆍ취득 및 보유와 관련하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문 또는 제48조 제1항에 따라 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입하거나 제48조 제2항에 따라 즉시 증여세를 부과한다.

1. 성실공익법인 등이 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하여 주식 등을 출연(출연받은 재산으로 주식 등을 취득하는 경우를 포함한다)받은 후 성실공익법인 등에 해당하지 아니하게 된 경우

2. 제16조 제2항 각 호 외의 부분 단서 또는 제48조 제2항 제2호 단서에 따른 공익법인 등이 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 공익법인 등에 해당하지 아니하게 되거나 해당 출연자와 특수관계에 있는 내국법인의 주식 등을 해당 법인의 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하여 보유하게 된 경우

□ 상속세 및 증여세법 제49조【공익법인 등의 주식 등의 보유기준】

① 공익법인 등이 1996년 12월 31일 현재 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식 등을 보유하고 있는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 기간까지 당해 발행주식총수 등의 100분의 5(이하 "주식 등의 보유기준"이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 직접 공익목적사업에의 사용실적 기타 당해 공익법인 등의 공익기여도 등을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인 등과 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인 등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령이 정하는 공익법인 등에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등의 지분율이 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하고 100분의 20 이하인 경우에는 1999년 12월 31일까지

2. 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등의 지분율이 발행주식총수 등의 100분의 20을 초과하는 경우에는 2001년 12월 31일까지

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 주식 등의 보유기준의 계산방법 등 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 상속세 및 증여세법 제50조【공익법인 등에 대한 외부전문가의 세무확인】

① 공익법인 등은 과세기간별로 또는 사업연도별로 출연받은 재산의 공익목적사업 사용 여부 등에 대하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 2명 이상의 변호사ㆍ공인회계사 또는 세무사를 선임하여 세무확인(이하 "외부전문가의 세무확인"이라 한다)을 받아야 한다. 다만, 제3항에 따른 회계감사를 받는 공익법인 등과 사업운영의 특성 및 출연재산규모 등을 감안하여 대통령령이 정하는 공익법인 등의 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항의 규정에 의하여 외부전문가의 세무확인을 받은 공익법인 등은 그 결과를 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지관할세무서장에게 보고하여야 한다. 이 경우 관할세무서장은 공익법인 등의 출연재산의 공익목적사업 사용 여부 등에 관련된 외부전문가의 세무확인의 결과를 일반인이 열람할 수 있도록 하여야 한다.

③ 공익법인 등은 과세기간별로 또는 사업연도별로「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제3조에 따른 감사인에게 회계감사를 받아야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공익법인 등의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자산규모가 대통령령으로 정하는 규모 미만인 공익법인 등

2. 사업의 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인 등

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용함에 있어서 세무확인항목, 세무확인절차ㆍ방법, 보고서의 작성 및 세무확인 결과의 보고절차, 외부감사의 방법 등 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 상속세 및 증여세법 제50조의 2【공익법인 등의 전용계좌의 개설ㆍ사용 의무】

① 공익법인 등(사업의 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인 등을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)은 해당 공익법인 등의 직접 공익목적사업과 관련하여 지급받거나 지급하는 수입과 지출의 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 직접 공익목적사업용 전용계좌(이하 "전용계좌"라 한다)를 사용하여야 한다.

1. 직접 공익목적사업과 관련된 수입과 지출을 대통령령으로 정하는 금융기관을 통하여 결제하거나 결제받는 경우

2. 기부금ㆍ출연금 또는 회비를 지급받는 경우. 다만, 현금을 직접 지급받은 경우로서 대통령령으로 정하는 경우를 제외한다.

3. 인건비ㆍ임차료를 지급하는 경우

4. 기부금ㆍ장학금ㆍ연구비 등 대통령령으로 정하는 직접 공익목적사업비를 지출하는 경우. 다만, 100만원을 초과하는 경우로 한정한다.

5. 수익용 또는 수익사업용 자산의 처분대금, 그밖의 운용소득을 고유목적사업회계에 전입(현금 등 자금의 이전이 수반되는 경우만 해당한다)하는 경우

② 공익법인 등은 직접 공익목적사업과 관련하여 제1항 각 호의 어느 하나에 해당되지 아니하는 경우에는 명세서를 별도로 작성ㆍ보관하여야 한다. 다만,「소득세법」제160조의 2 제2항 제3호 또는 제4호에 해당하는 증빙서류를 갖춘 경우 등 대통령령으로 정하는 수입과 지출의 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 공익법인 등은 최초로 공익법인 등에 해당하게 된 날부터 3개월 이내에 전용계좌를 개설하여 해당 공익법인 등의 납세지관할세무서장에게 신고하여야 한다.

④ 공익법인 등은 전용계좌를 변경하거나 추가로 개설하려는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 신고하여야 한다.

⑤ 공익법인 등의 전용계좌의 개설ㆍ신고ㆍ변경ㆍ추가 및 그 신고방법, 전용계좌를 사용하여야 하는 범위 및 명세서 작성 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 상속세 및 증여세법 제50조의 3【공익법인 등의 결산서류 등의 공시의무】

① 공익법인 등(자산규모가 대통령령으로 정하는 규모 미만인 공익법인 등과 사업의 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인 등을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)은 다음 각 호의 서류 등(이하 이 조에서 "결산서류 등"이라 한다)을 해당 공익법인 등의 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 국세청의 인터넷 홈페이지에 게재하는 방법으로 공시하여야 한다.

1. 대차대조표

2. 손익계산서(손익계산서에 준하는 수지계산서 등을 포함한다)

3. 기부금 모집 및 지출명세

4. 해당 공익법인 등의 대표자ㆍ이사ㆍ출연자ㆍ소재지 및 목적사업에 관한 사항

5. 주식보유 현황 등 대통령령으로 정하는 사항

② 국세청장은 공익법인 등이 제1항에 따라 결산서류 등을 공시하지 아니하거나 그 공시내용에 오류가 있는 경우에는 해당 공익법인 등에게 1개월 이내의 기간을 정하여 공시하도록 하거나 오류를 시정하도록 요구할 수 있다.

③ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 결산서류 등의 공시 및 그 시정요구에 관한 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 상속세 및 증여세법 제51조【장부의 작성ㆍ비치의무】

① 공익법인 등은 소득세과세기간 또는 법인세사업연도별로 출연받은 재산 및 공익사업운용명세 등에 대한 장부를 작성하여야 하며 장부와 관계있는 중요한 증빙서류를 비치하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 장부와 중요한 증빙서류는 당해 공익법인 등의 소득세과세기간 또는 법인세사업연도의 종료일부터 10년간 보존하여야 한다.

③ 공익법인 등의 수익사업에 대하여 「소득세법」제160조 및 「법인세법」제112조 단서의 규정에 의하여 작성ㆍ비치된 장부와 중요한 증빙서류는 제1항의 규정에 의하여 작성ㆍ비치된 장부와 중요한 증빙서류로 본다. 이 경우 당해 장부와 중요한 증빙서류에는 마이크로필름ㆍ자기테이프ㆍ디스켓 기타 정보보존장치에 의한 것을 포함한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 장부ㆍ증빙서류의 작성ㆍ비치에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 상속세 및 증여세법 시행령 제37조【내국법인 주식 등의 초과보유계산방법 등】

① 법 제48조 제1항 단서 및 동조 제2항 제2호의 규정에 의한 주식 등의 초과부분은 다음 각호의 1에 해당하는 날을 기준으로 하여 계산한다.

1. 공익법인 등이 매매 또는 출연에 의하여 주식 등을 취득하는 경우에는 그 취득일

2. 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등을 발행한 내국법인이 자본 또는 출자액을 증가시키기 위하여 발행한 신주 중 공익법인 등에게 배정된 신주를 유상으로 취득하는 경우에는 그 취득하는 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도중「상법」제354조의 규정에 의한 주주명부의 폐쇄일 또는 권리행사 기준일(주식회사 외의 회사의 경우에는 과세기간 또는 사업연도의 종료일로 한다)

3. 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등을 발행한 내국법인이 자본 또는 출자액을 감소시킨 경우에는 감자를 위한 주주총회결의일이 속하는 연도의 주주명부폐쇄일(주식회사 외의 회사의 경우에는 과세기간 또는 사업연도의 종료일로 한다)

② 법 제48조 제1항 제2호에서 "특수관계에 있는 자"라 함은 출연자와 제19조 제2항 각호의 1에 해당하는 관계에 있는 자를 말하며, 동조 제2항 제2호 나목에서 "당해 내국법인과 특수관계에 있는 출연자"라 함은 출연자가 당해 내국법인과 제13조 제11항 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 경우 당해 출연자를 말한다.

③ 법 제48조 제2항 제2호 각목 외의 부분 단서에서 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인 등이라 함은 상호출자제한기업집단에 속하는 법인과 동법 시행령 제3조 제1호의 규정에 의한 동일인관련자의 관계에 있지 아니하는 공익법인 등을 말한다.

④ 법 제48조 제2항 제2호 각목 외의 부분 단서에서 "당해 공익법인 등의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인"이라 함은 제13조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 내국법인을 말한다.

⑤ 법 제48조 제2항 제2호 각목 외의 부분 단서에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 주무부장관이 공익법인 등의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 인정하는 경우를 말한다.

⑥ 법 제48조 제2항 제2호 각 목 외의 부분 단서에서 "산학협력단이 대통령령으로 정하는 주식 등을 취득하는 경우"란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우를 말한다.

1.「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단(이하 "산학협력단"이라 한다)이 보유한 기술을 출자하여 같은 법에 따른 기술지주회사(이하 이 조에서 "기술지주회사"라 한다) 또는「벤처기업 육성에 관한 특별조치법」에 따른 신기술창업전문회사(이하 이 조에서 "신기술창업전문회사"라 한다)를 설립할 것

2. 산학협력단이 출자하여 취득한 주식 등이 기술지주회사인 경우에는 발행주식총수의 100분의 50 이상, 신기술창업전문회사인 경우에는 발행주식총수의 100분의 30 이상일 것

3. 기술지주회사 또는 신기술창업전문회사는 자회사 외의 주식 등을 보유하지 아니할 것

⑦ 법 제48조 제1항 각호 외의 부분 단서 및 동조 제2항 제2호의 규정에 의하여 공익법인 등에 출연하거나 공익법인 등이 취득하는 주식 등이 발행주식총수 등의 100분의 5(성실공익법인 등인 경우에는 100분의 10)를 초과하는 가액의 계산은 동일한 내국법인의 주식 등으로서 다음 각호의 주식 등을 합하여 계산한다.

1. 출연 또는 취득하는 주식 등

2. 출연 또는 취득당시 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등

3. 출연 또는 취득당시 제2항에 해당하는 자로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등

□ 상속세 및 증여세법 시행령 제38조【공익법인 등이 출연받은 재산의 사후관리】

① 법 제48조 제2항 본문 단서에서 "대통령령이 정하는 재산"이라 함은 제12조 제1호에 규정된 종교사업에 출연하는 헌금(부동산ㆍ주식 또는 출자지분으로 출연하는 경우를 제외한다)을 말한다.

② 법 제48조 제2항 제1호에서 직접공익목적사업에 사용하는 것은 공익법인 등의 정관상 고유목적사업에 사용(기획재정부령이 정하는 관리비로 사용하는 경우를 제외한다)하는 것으로 한다. 다만, 출연받은 재산을 당해 직접공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인 등에게 출연하는 것을 포함한다.

③ 법 제48조 제2항 제1호 단서에서 "대통령령이 정하는 부득이한 사유"라 함은 출연받은 재산을 직접공익목적사업에 사용함에 있어서 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 인하여 3년 이내에 전부 사용하는 것이 곤란한 경우로서 주무부장관(권한을 위임받은 자를 포함한다)이 인정한 경우를 말한다.

④ 법 제48조 제2항 제4호에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우"라 함은 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3년 이내에 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하되, 당해 자산매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세를 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다) 중 직접공익목적사업에 사용한 실적(매각대금으로 직접공익목적사업용 또는 수익사업용재산을 취득한 경우를 포함한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)이 매각대금의 100분의 90에 미달하는 경우를 말한다. 이 경우 당해 매각대금 중 직접공익목적사업용 또는 수익사업용재산(공익목적사업용 또는 수익사업용재산을 취득하기 전에 일시취득한 재산을 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)을 취득한 가액이 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용한다.

⑤ 법 제48조 제2항 제4호의 2에서 운용소득과 관련된 "대통령령이 정하는 기준금액"이라 함은 제1호의 규정에 의하여 계산한 금액에서 제2호의 규정에 의한 금액을 차감한 금액(이하 이 항에서 "운용소득"이라 한다)의 100분의 70에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "사용기준금액"이라 한다)을 말한다. 이 경우 직전 과세기간 또는 사업연도에서 발생한 운용소득을 사용기준금액에 미달하게 사용한 경우에는 그 미달하게 사용한 금액(법 제78조 제9항의 규정에 의한 가산세를 차감한 금액을 말한다)을 운용소득에 가산한다.

1. 당해 과세기간 또는 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(법 제48조 제2항 제4호의 규정에 의한 출연재산 매각금액을 제외하고,「법인세법」제29조 제1항의 규정에 의한 고유목적사업준비금과 당해 과세기간 또는 사업연도중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함한다)과 출연재산을 수익의 원천에 사용함으로써 생긴 소득금액의 합계액

2. 당해 소득에 대한 법인세 또는 소득세ㆍ농어촌특별세ㆍ주민세 및 이월결손금

⑥ 법 제48조 제2항 제4호의 2의 규정에 의한 운용소득의 사용은 그 소득이 발생한 과세기간 또는 사업연도종료일부터 1년 이내에 직접공익목적사업에 사용한 실적(제5항 제1호의 규정에 의하여 당해 과세기간 또는 사업연도중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 실적 및 기준금액은 각각 당해 과세기간 또는 사업연도와 직전 4과세기간 또는 사업연도와의 5년간의 평균금액을 기준으로 계산할 수 있으며 사업개시 후 5년이 경과되지 아니한 경우에는 사업개시 후 5년이 경과한 때부터 이를 계산한다.

⑦ 법 제48조 제2항 제4호의 2에서 "매각대금을 매각한 날부터 3년의 기간중 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우"라 함은 매각대금 중 직접공익목적사업에 사용한 실적이 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도종료일부터 1년 이내에 매각대금의 100분의 30, 2년 이내에 매각대금의 100분의 60에 미달하게 사용한 경우를 말한다. 이 경우 당해 매각대금 중 직접공익목적사업용 또는 수익사업용재산을 취득한 가액이 매 연도별 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용한다.

⑧ 법 제48조 제2항 제5호에서 "대통령령이 정하는 바에 의하여 운용하지 아니하는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 공익법인 등이 사업을 종료한 때의 잔여재산을 국가ㆍ지방자치단체 또는 당해 공익법인 등과 동일하거나 유사한 공익법인 등에 귀속시키지 아니한 때

2. 직접공익목적사업에 사용하는 것이 사회적 지위ㆍ직업ㆍ근무처 및 출생지 등에 의하여 일부에게만 혜택을 제공하는 것인 때. 다만, 주무부장관이 기획재정부장관과 협의(행정권한의위임및위탁에관한규정 제3조 제1항의 규정에 의하여 공익법인 등의 설립허가 등에 관한 권한이 위임된 경우에는 당해 권한을 위임받은 기관과 당해 공익법인 등의 관할세무서장의 협의를 말한다)하여 따로 수혜자의 범위를 정하여 이를 다음 각목의 1에 해당하는 조건으로 한 경우를 제외한다.

가. 당해 공익법인 등의 설립허가의 조건으로 붙인 경우

나. 정관상의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 또는 정관상의 목적사업에 새로운 사업을 추가하기 위하여 재산을 추가출연함에 따라 정관의 변경허가를 받는 경우로서 그 변경허가조건으로 붙인 경우

⑨ 법 제48조 제2항 제1호ㆍ제3호 내지 제5호의 규정을 적용함에 있어서 출연받은 재산ㆍ운용소득ㆍ출연받은 재산의 매각대금 및 제8항 제1호의 규정에 의한 잔여재산(이하 이 항에서 "출연받은 재산 등"이라 한다) 중 일부가 다음 각호의 1에 해당하는 사유로 인하여 직접 공익목적사업에 사용할 수 없거나 제8항 제1호의 규정에 의한 국가ㆍ지방자치단체 및 공익법인 등에 귀속시킬 수 없는 때에는 당해 금액을 출연받은 재산 등의 가액에서 차감한 금액을 기준으로 해당 각 조항을 적용한다.

1. 공익법인 등의 이사 또는 사용인의 불법행위로 인하여 출연받은 재산 등이 감소된 경우. 다만, 출연자 및 그 친족의 불법행위로 인한 경우를 제외한다.

2. 출연받은 재산 등을 분실하거나ㆍ도난당한 경우

⑩ 법 제48조 제8항에서 "출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자"라 함은 출연자(재산출연일 현재 당해 공익법인 등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자를 제외한다)와 제19조 제2항 각호의 1의 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 "주주 등 1인"은 "출연자"로 본다.

⑪ 법 제48조 제8항에서 "대통령령이 정하는 공익법인 등"이라 함은 다음 각호의 법인(제12조 제4호에 해당하는 공익법인을 제외한다)을 말한다. 이 경우 제19조 제2항 제3호 내지 제5호 및 제8호의 규정에 의한 "주주 등 1인"은 "출연자"로 본다.

1. 제19조 제2항 제3호의 자가 이사의 과반수를 차지하거나 재산을 출연하여 설립한 비영리법인

2. 제19조 제2항 제4호의 자가 재산을 출연하여 설립한 비영리법인

3. 제19조 제2항 제5호 및 제8호에 해당하는 비영리법인

⑫ 법 제48조 제9항 본문 및 제10항 본문에서 "특수관계에 있는 내국법인"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자가 제1호에 해당하는 기업의 주식 등을 출연하거나 보유한 경우의 당해 기업(당해 기업과 함께 제1호에 해당하는 자에 속하는 다른 기업을 포함한다)을 말한다.

1. 제19조 제2항 제3호에 해당하는 자

2. 제19조 제2항 제5호에 해당하는 자

3. 제1호 및 제2호에 해당하는 자가 이사의 과반수이거나 재산을 출연하여 설립한 비영리법인

⑬ 법 제48조 제9항 후단에서 "그 초과하는 내국법인의 주식 등의 가액"이라 함은 각 사업연도종료일 현재 제1호의 가액에서 제2호의 가액의 100분의 30(법 제50조 제3항에 따른 외부감사, 법 제50조의 2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용과 법 제50조의 3에 따른 결산서류 등의 공시를 이행하는 공익법인 등에 해당하면 100분의 50)에 해당하는 금액을 차감하여 계산한 가액을 말한다.

1.「법인세법 시행령」제74조 제1항 제1호 마목의 규정에 의한 당해 내국법인의 주식 등의 취득가액과 대차대조표상의 가액 중 적은 금액

2. 공익법인 등의 총재산(당해 내국법인의 주식 등을 제외한다)에 대한 대차대조표상의 가액에 제1호의 가액을 가산한 가액

⑭ 법 제48조 제10항의 규정에 의하여 가산세를 부과하는 광고ㆍ홍보는 공익법인 등이 다음 각호의 1에 해당하는 행위를 하는 경우를 말한다.

1. 신문ㆍ잡지ㆍ텔레비전ㆍ라디오ㆍ인터넷 또는 전자광고판 등을 이용하여 내국법인을 위하여 홍보하거나 내국법인의 특정상품에 관한 정보를 제공하는 행위. 다만, 내국법인의 명칭만을 사용하는 홍보를 제외한다.

2. 팜플렛ㆍ입장권 등에 내국법인의 특정상품에 관한 정보를 제공하는 행위. 다만, 내국법인의 명칭만을 사용하는 홍보를 제외한다.

□ 상속세 및 증여세법 시행령 제39조【공익법인 등의 자기내부거래에 대한 증여세과세】

① 법 제48조 제3항 제3호에서 "특수관계에 있는 자"라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말하며, 제2호부터 제5호까지의 규정에 따른 출연자에는 제13조 제9항 제1호에 따른 관계가 있는 자를 포함한다.

1. 출연자가「민법」제32조의 규정에 의하여 설립된 법인인 경우에는 그 법인에 대한 출연자 및 그 친족

2. 출연자가 제1호 외의 법인인 경우에는 당해 법인을 출자에 의하여 지배하고 있는 자 및 그 친족

3. 출연자의 사용인

4. 출연자로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인 등의 임원

5. 출연자가 출자에 의하여 지배하고 있는 법인

6. 제28조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 해당하는 관계에 있는 자

② 법 제48조 제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 출연받은 재산을 출연받은 날부터 3월 이내에 한하여 법 제48조 제3항 각호의 1에 해당하는 자가 사용하는 경우

2. 제12조 제2호의 규정에 의한 교육사업을 영위하는 교육기관이 기획재정부령이 정하는 연구시험용시설 등을 출연받아 이를 당해 공익법인 등과 출연자가 공동으로 사용하는 경우

3. 당해 공익법인 등이 의뢰한 연구용역 등의 대가 또는 직접공익목적사업의 수행과 관련한 경비 등을 지급하는 경우

③ 법 제48조 제3항 본문에서 "대통령령이 정하는 가액"이라 함은 동항 각호의 1에 해당하는 자에게 무상으로 사용ㆍ수익하게 한 경우에는 당해 출연재산가액을 말하며, 정상적인 대가보다 낮은 대가로 사용ㆍ수익하게 한 경우에는 그 차액에 상당하는 출연재산가액을 말한다.

□ 상속세 및 증여세법 시행령 제40조【공익법인 등에게 부과되는 증여세과세가액의 계산 등】

① 법 제48조 제2항 본문에서 "대통령령이 정하는 가액"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 가액을 말한다.

1. 법 제48조 제2항 제1호 본문에 해당하게 되는 경우에는 다음 각목의 1의 가액

가. 직접공익목적사업 등 외에 사용한 경우에는 그 사용한 재산의 가액

나. 3년 이내에 직접공익목적사업 등에 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 경우에는 그 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 재산의 가액

2. 법 제48조 제2항 제2호의 규정에 해당하게 되는 경우에는 그 초과부분을 취득하는데 사용한 재산의 가액

2의 2. 법 제48조 제2항 제3호의 규정에 해당하게 되는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 재산가액

기획재정부령이 정하는 출연재산(직접공익목적사업에 사용한 분을 제외한다)의 평가가액	공익목적사업 외에 사용한 금액 × ────────────────── 제38조 제5항의 규정에 의한 운용소득

3. 법 제48조 제2항 제4호의 규정에 해당하게 되는 경우에는 다음 각목의 구분에 따라 계산한 재산가액

가. 공익목적사업 외에 사용한 분:

제38조 제4항의 규정에 의한 사용기준금액	공익목적사업 외에 사용한 금액 × ────────────────── 제38조 제4항의 규정에 의한 매각대금

나. 제38조 제4항의 규정에 의한 사용기준금액에 미달하게 사용한 분: 당해 미달사용금액

4. 제38조 제8항 제1호의 규정에 해당하게 되는 경우에는 국가ㆍ지방자치단체 또는 당해 공익법인 등과 동일하거나 유사한 공익법인 등에 귀속시키지 아니한 재산가액

5. 제38조 제8항 제2호 본문의 규정에 해당하게 되는 경우에는 혜택을 받은 일부에게만 제공된 재산가액 또는 경제적 이익에 상당하는 가액

② 법 제48조 제11항의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입하거나 즉시 증여세를 부과하여야 하는 경우에는 그 과세가액에 산입하거나 증여세를 부과하여야 할 사유가 발생한 날 현재 당해 공익법인 등이 초과하여 보유하고 있는 주식 등의 가액을 기준으로 한다. 이 경우 "증여세를 부과하여야 할 사유가 발생한 날"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날을 말한다.

1. 법 제48조 제11항 제1호 및 같은 항 제2호에 따라 공익법인 등에 해당하지 아니하게 된 경우에는 성실공익법인 등에 해당하지 아니하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일

2. 법 제48조 제11항 제2호에 따라 해당 법인의 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하여 보유하게 된 날

□ 상속세 및 증여세법 시행령 제41조【출연재산명세의 보고 등】

① 법 제48조 제5항에 따라 재산을 출연받은 공익법인 등은 결산에 관한 서류[「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」그밖의 법령에 따라 공익법인 등이 주무관청에 제출하는 대차대조표 및 손익계산서(손익계산서에 준하는 수지계산서 등을 포함한다)에 한한다] 및 기획재정부령이 정하는 다음 각 호에 규정하는 사항에 관한 서류를 사업연도 종료일부터 3월 이내에 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 출연받은 재산의 명세

2. 출연재산(출연재산의 운용소득을 포함한다)의 사용계획 및 진도현황

3. 법 제48조 제2항 제4호 및 동항 제4호의 2(제38조 제7항의 규정에 해당하는 경우에 한한다)의 규정에 해당하는 경우에는 매각재산 및 그 사용명세

4. 운용소득의 직접공익목적사업 사용명세

5. 기타 재정경제부령이 정하는 필요한 서류

② 법 제48조 제6항의 규정에 의한 주무관청에의 통보는 기획재정부령이 정하는 통보서에 의하여 상속세 또는 증여세를 부과한 날이 속하는 달의 다음달 말일까지 하여야 한다.

③ 법 제48조 제7항의 규정에 의한 통보를 하고자 하는 주무관청은 기획재정부령이 정하는 통보서에 의하여 설립허가 등을 한 날이 속하는 달의 다음달 말일까지 그 통보를 하여야 한다.

□ 상속세 및 증여세법 시행령 제42조【주식 등의 보유기준의 적용대상에서 제외되는 공익법인 등】

① 법 제49조 제1항 단서 전단에서 "대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인 등"이라 함은 성실공익법인 등을 말한다.

② 법 제48조 제9항 전단에서 "대통령령으로 정하는 공익법인 등"과 법 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령이 정하는 공익법인 등"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 국가ㆍ지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인 등이 재산을 출연하여 설립한 공익법인 등

2.「공공기관의 운영에 관한 법률」제4조 제1항 제3호에 따른 공공기관이 재산을 출연하여 설립한 공익법인 등

3. 제2호의 공익법인 등이 재산을 출연하여 설립한 공익법인 등

③ - ④ 삭 제

⑤ 제37조 제7항은 법 제49조 제1항의 규정에 의한 주식 등의 보유기준의 계산에 관하여 이를 준용한다.

□ 상속세 및 증여세법 시행령 제43조【공익법인 등에 대한 외부전문가의 세무확인 등】

① 법 제50조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 기준"이라 함은 당해 공익법인 등으로부터 업무수행상 독립된 것을 말한다.

② 법 제50조 제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 공익법인 등"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공익법인 등을 말한다.

1. 법 제50조 제1항의 규정에 의하여 외부전문가의 세무확인을 받아야 하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재 대차대조표상 총자산가액(부동산의 경우 법 제60조ㆍ법 제61조 및 법 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액이 대차대조표상의 가액보다 큰 경우에는 그 평가한 가액을 말한다)의 합계액이 10억원 미만인 공익법인 등

2. 불특정다수인으로부터 재산을 출연받은 공익법인 등(출연자 1인과 그와 제26조 제4항에 규정된 특수관계에 있는 자와의 출연재산가액의 합계액이 공익법인 등이 출연받은 총재산가액의 100분의 5에 미달하는 경우에 한한다)

3. 국가 또는 지방자치단체가 재산을 출연하여 설립한 공익법인 등으로서「감사원법」또는 관련법령의 규정에 의하여 감사원의 회계검사를 받는 공익법인 등(회계검사를 받는 연도분에 한한다)

③ 법 제50조 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 규모 미만인 공익법인 등"이란 회계감사를 받아야 하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재 대차대조표상 총자산가액(부동산인 경우 법 제60조ㆍ 제61조 및 제66조에 따라 평가한 가액이 대차대조표상의 가액보다 크면 그 평가한 가액을 말한다)의 합계액이 100억원 미만인 공익법인 등을 말한다.

④ 법 제50조 제3항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 공익법인 등"이란 제12조 제1호 및 제2호의 사업을 영위하는 공익법인 등을 말한다.

⑤ 법 제50조 제4항에 따른 외부전문가의 세무확인항목은 다음 각 호의 어느 하나에 의한다.

1. 출연받은 재산의 공익목적 사용 여부

2. 법 제48조ㆍ이 영 제37조 및 제39조에서 규정하고 있는 의무사항 이행 여부

3. 삭 제

4. 기타 공익목적사업운영 등에 관하여 기획재정부령이 정하는 것

⑥ 공익법인 등에 대한 세무확인을 한 외부전문가는 그 결과를 기획재정부령이 정하는 보고서에 의하여 세무확인을 받은 당해 공익법인 등의 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 당해 공익법인 등을 관할하는 세무서장에게 보고하여야 한다.

⑦ 법 제50조 제3항에 따른 회계감사는 해당 공익법인 등의 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 2개월 이내에 실시하고, 감사인이 작성한 감사보고서를 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 관할세무서장은 제출받은 감사보고서를 일반인이 열람할 수 있도록 하여야 한다.

⑧ 법 제50조 제4항에 따른 세무확인절차ㆍ방법 및 외부감사를 위한 외부전문가 및 감사인의 선임ㆍ선임의 제한, 외부전문가의 의무, 세무확인서 및 세무확인기간 등 외부전문가의 세무확인 및 감사인의 외부감사에 필요한 세부사항은 국세청장이 정한다.

□ 상속세 및 증여세법 시행령 제43조의 2【공익법인 등의 전용계좌의 개설ㆍ사용의무】

① 법 제50조의 2 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 공익법인 등"이란 제12조 제1호의 사업을 영위하는 공익법인 등을 말한다.

② 법 제50조의 2 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 직접 공익목적사업용 전용계좌"란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것을 말한다.

1.「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」제2조 제1호에 해당하는 금융기관(이하 이 조에서 "금융기관"이라 한다)에 개설한 계좌일 것

2. 공익법인 등의 공익목적사업 외의 용도로 사용되지 아니할 것

③ 법 제50조의 2 제1항 각 호 외의 부분에 따른 전용계좌(이하 "전용계좌"라 한다)는 공익법인 등별로 둘 이상 개설할 수 있다.

④ 법 제50조의 2 제1항 제1호에 따라 전용계좌를 사용하여야 하는 거래의 범위에는 금융기관의 중개 또는 금융기관에 대한 위탁 등을 통하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 그 대금을 결제하는 경우를 포함한다.

1. 송금 및 계좌 간 자금이체

2.「수표법」제1조에 따른 수표로 이루어진 거래대금의 지급 및 수취

3.「어음법」제1조 및 제75조에 따른 어음으로 이루어진 거래대금의 지급 및 수취

4.「여신전문금융업법」또는「전자금융거래법」에 따른 신용카드ㆍ선불카드(선불전자지급수단 및 전자화폐를 포함한다)ㆍ직불카드(직불전자지급수단을 포함한다)를 통하여 이루어진 거래대금의 지급 및 수취

⑤ 법 제50조의 2 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 현금으로 직접 지급받은 기부금ㆍ출연금 또는 회비를 지급받는 날부터 5일(5일이 되는 날이 공휴일ㆍ토요일 또는「근로자의 날 제정에 관한 법률」에 따른 근로자의 날에 해당하면 그 다음 날)까지 전용계좌에 입금하는 경우를 말한다. 이 경우 기부금ㆍ출연금 또는 회비의 현금수입 명세를 작성하여 보관하여야 한다.

⑥ 법 제50조의 2 제1항 제4호 본문에서 "대통령령으로 정하는 직접 공익목적사업비를 지출하는 경우"란 공익목적 사업과 관련된 기부금ㆍ장학금ㆍ연구비ㆍ생활비 등을 지출하는 경우를 말한다.

⑦ 공익법인 등은 법 제50조의 2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당되지 아니하는 거래의 경우 같은 조 제2항에 따라 그 거래일자, 거래상대방(확인이 가능한 경우에 한한다) 및 거래금액 등을 기재한 재정경제부령으로 정하는 전용계좌 외 거래명세서(이하 "전용계좌외거래명세서"라 한다)를 작성하여 보관하여야 한다. 이 경우 전산처리된 테이프 또는 디스크 등에 수록ㆍ보관하여 즉시 출력할 수 있는 상태에 둔 때에는 전용계좌외거래명세서를 작성하여 보관한 것으로 본다.

⑧ 법 제50조의 2 제2항 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입과 지출"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 수입과 지출을 말한다.

1.「소득세법」제160조의 2 제2항 제3호 또는 제4호에 해당하는 증거서류를 받은 지출

2. 거래건당 금액(부가가치세를 포함한다)이 1만원(2008년 12월 31일까지는 3만원) 이하인 수입과 지출

3. 그밖에 증거서류를 받기 곤란한 거래 등으로서 기획재정부령으로 정하는 수입과 지출

⑨ 공익법인 등은 해당 과세기간 또는 사업연도별로 전용계좌를 사용하여야 할 수입과 지출, 실제 사용한 금액 및 미사용 금액을 구분하여 기록ㆍ관리하여야 한다.

⑩ 공익법인 등은 법 제50조의 2 제3항에 따라 해당 기간에 기획재정부령으로 정하는 전용계좌개설(변경ㆍ추가)신고서를 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 전용계좌를 변경ㆍ추가하는 때에는 사유 발생일부터 1개월 이내에 납세지관할세무서장에게 신고하여야 한다.

⑪ 국세청장은 납세관리상 필요한 범위에서 전용계좌의 개설, 신고, 명세서 작성 등에 필요한 세부적인 사항을 정할 수 있다.

□ 상속세 및 증여세법 시행령 제44조【장부의 작성ㆍ비치】

① 법 제51조 제1항의 규정에 의한 장부는 출연받은 재산의 보유 및 운용상태와 수익사업의 수입 및 지출내용의 변동을 빠짐없이 이중으로 기록하여 계산하는 부기형식의 장부이어야 하며, 동항의 규정에 의한 중요한 증빙서류에는 수혜자에 대한 지급명세가 포함되어야 한다.

② 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 의한 장부를 작성ㆍ비치한 것으로 본다.

1. 이중으로 대차평균하게 기표된 전표와 이에 대한 증빙서류가 완비되어 제1항의 재산의 보유 및 운용상태와 수입 및 지출내용의 변동을 빠짐없이 기록한 경우

2. 당해 수입과 지출에 대한 계산서(「부가가치세법」에 의한 세금계산서를 포함한다)와 영수증 등에 의하여 제1항의 재산의 보유 및 운용상태와 수입 및 지출내용의 변동을 빠짐없이 보관하고 있는 경우

□ 상속세 및 증여세법 시행규칙 제10조의 6【직접 고유목적사업에의 사용 등】

① 영 제38조 제2항 본문에서 "기획재정부령이 정하는 관리비"라 함은 당해 공익법인 등의 정관상의 고유목적사업에 직접 사용하는 시설에 소요되는 수선비ㆍ전기료ㆍ전화사용료 등의 관리비를 제외한 관리비를 말한다.

② 영 제38조 제4항 후단의 규정에 의한 일시취득한 재산은 매각대금으로 취득한 수익용 또는 수익사업용재산으로서 그 운용기간이 6월 미만인 재산으로 한다.

□ 상속세 및 증여세법 시행규칙 제11조【공익법인 등의 과세기간 등】

영 제38조 제4항 내지 제7항, 영 제41조 제1항 및 영 제43조 제2항ㆍ제4항의 규정에 의한 공익법인 등의 과세기간 또는 사업연도는 당해 공익법인 등에 관한 법률 또는 정관의 규정에 의하며, 과세기간 또는 사업연도가 따로 정하여져 있지 아니한 경우에는 매년 1월 1일부터 12월 31일까지로 한다.

□ 상속세 및 증여세법 시행규칙 제12조【공익법인 등의 자기내부거래에 대한 증여세과세】

영 제39조 제2항 제2호에서 "기획재정부령이 정하는 연구시험용시설 등"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 출연받은 기부금에 의하여 설립한 건물

2.「법인세법 시행규칙」 별표 2 시험연구용자산의 내용연수표에 규정된 시설 및 설비

□ 상속세 및 증여세법 시행규칙 제13조【출연재산의 평가】

① 영 제40조 제1항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 해당 초과부분을 취득하는데 사용한 재산의 가액산정이 곤란한 경우에는 그 초과부분은 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의한 재산의 평가방법에 따른다.

② 영 제40조 제1항 제2호의 2에서 규정하는 출연재산의 평가가액은 다음 각호의 1에 해당하는 가액으로 한다.

1. 법 제48조 제2항 제3호의 규정에 해당하는 경우: 운용소득을 사용하여야 할 과세기간 또는 사업연도의 직전 과세기간 또는 직전 사업연도말 현재 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 출연재산에 대한 대차대조표상 가액. 다만, 그 가액이 법 제4장의 규정에 의하여 평가한 가액의 100분의 70 이하인 경우에는 법 제4장의 규정에 의하여 평가한 가액으로 한다.

2. 삭 제

③ 제2항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 당해 재산 중 공익법인 등이 1년 이상 보유한 주식 등에 대하여는 제2항 제1호의 규정에 불구하고 그 액면가액을 기준으로 계산한 금액에 의한다.

④ 삭 제

□ 상속세 및 증여세법 시행규칙 제14조【외부전문가의 세무확인】

① 영 제43조 제5항 제4호에서 "기획재정부령이 정하는 것"이란 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 출연받은 재산의 운영 및 수익사업내역의 적정성 여부

2. 장부의 작성ㆍ비치의무의 준수 여부

3. 공익법인 등의 수혜자 선정의 적정성 여부

② 영 제43조 제6항에서 "기획재정부령이 정하는 보고서"란 영 제43조 제5항 각 호의 어느 하나에 규정된 사항에 대하여 영 제43조 제8항에 따른 외부전문가의 공익법인 등에 대한 세무확인서로서 국세청장이 정하는 것을 말한다.

③ 공익법인 등은 2년마다 과거 2년간의 과세기간 또는 사업연도에 대하여 외부전문가의 세무확인을 받아야 한다. 이 경우 외부전문가의 세무확인은 당해 공익법인 등의 과세기간 또는 사업연도종료일부터 2월 이내에 실시하여야 한다.

④ 삭 제

□ 상속세 및 증여세법 시행규칙 제14조의 2【증거서류를 받기 곤란한 수입과 지출의 범위】

영 제43조의 2 제8항 제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 수입과 지출"이란「소득세법 시행규칙」제95조의 3 각 호의 거래에 따른 수입과 지출을 말한다.

□ 상속세 및 증여세법 기본통칙

48-38…2【직접공익목적사업 등에 사용한 금액의 범위】

법 제48조 제2항에서 직접공익목적사업 등에 사용한 금액은 다음 각호의 구분에 의한다.

1. 출연재산이 현금인 경우

가. 직접공익목적사업용재산을 취득하기 위하여 지출한 금액

나. 직접공익목적사업비로 지출한 금액

다. 수익사업용 또는 수익용재산을 취득하기 위하여 지출한 금액

2. 출연재산이 제1호 외의 재산인 경우

가. 직접공익목적사업에 사용하는 재산의 금액

나. 수익사업용 또는 수익용재산으로 사용되는 재산의 금액

다. 당해 출연재산을 매각한 대금으로 제1호 각목의 용도에 지출한 금액

48-38…3【직접공익목적사업에 사용한 금액의 범위】

영 제38조 제2항 및 동조 제4항에 규정하는 직접공익목적사업 사용금액의 범위는 다음 각호의 1에 의한다.

1. 공익법인 등이 그 공익법인 등의 정관상의 고유목적사업의 수행에 직접 사용하는 자산을 취득하는데 소요된 금액은 이를 직접공익목적사업 사용금액에 포함한다.

2. 규칙 제10조의 5 제1항 제1호의 규정에 의한 의사ㆍ교사ㆍ사서ㆍ보모 및 전문연구원에 대한 인건비에는 간호사ㆍ교수 등의 인건비를 포함하며, 동조 동항 제2호 나목의 규정을 적용함에 있어 근무기간이 동일한 사용인이 있는 경우에는 인건비가 가장 많은 사용인부터 순차로 적용한다.

3. 공익법인 등이 운용소득으로 수익용재산을 취득한 금액은 직접공익목적사업 사용금액에 포함하지 아니한다.

48-38…4【수익사업용재산의 운용소득 중 직접공익목적사업에 사용하는 금액 기준】

① 사업용고정자산이나 기타 수익의 원천이 되는 재산을 처분하거나 평가함으로써 생긴 소득은 법 제48조 제2항 제3호의 규정에 의한 출연받은 재산의 운용소득에 포함하지 아니한다.

② 영 제38조 제4항 제1호에서 "법 제48조 제2항 제4호의 규정에 의한 출연재산 매각금액"이라 함은 공익법인 등이 출연받은 재산 및 출연받은 재산으로 취득한 재산 중 매각한 재산의 금액을 말한다.

③ 법 제48조 제2항 제3호 및 영 제38조 제5항에서 직접공익목적사업에 사용한 실적은 수익사업용 또는 수익용으로 사용하는 출연재산의 운용소득을 재원으로하여 직접공익목적사업에 사용한 금액의 합계액을 말한다.

④ 법 제48조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 직접공익목적사업에 사용한 금액이 재원별로 구분할 수 있는 경우에는 실제구분에 의하고 구분할 수 없는 경우에는 출연재산 운용소득, 출연재산 매각금액, 출연받은 재산, 기타 재산의 순서대로 사용한 것으로 본다.

48-38…5【직접공익목적사업에 사용한 실적 등】

① 영 제40조 제3호 산식에서 "총리령에 의한 출연재산의 평가가액"은 다음 각호의 구분에 의한다.

1. 법 제48조 제2항 제3호의 규정에 해당하는 경우에는 수익사업용 또는 수익용으로 운용하는 출연재산의 평가가액

2. 법 제48조 제2항 제4호의 규정에 해당하는 경우에는 매각한 재산의 가액

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 직접공익목적사업에 사용한 분이 증여자별로 구분되는 경우에는 실제구분에 의하고 구분되지 않는 경우에는 다음 산식에 따라 안분 계산한 금액에 의한다.

각 출연자별 출연재산가액

직접공익목적사업에 사용한 금액×──────────────

출연받은 총재산가액

48-39…6【공익법인 등의 자기내부거래에 대한 증여세과세】

① 공익법인 등이 출연받은 재산 등을 출연자 등에게 사용ㆍ수익하게 하는 경우 영 제39조 제3항의 규정에 의한 증여세과세가액은 다음 각호에 의한다.

1. 대가없이 사용ㆍ수익하게 하는 경우: 당해 출연재산가액

2. 낮은 대가로 사용ㆍ수익하게 하는 경우 :

(정상적인 대가－실제 지급한 대가)

당해 출연재산가액 × ──────────────────

정상적인 대가

② 삭 제

③ 영 제39조 제3항, 영 제40조 제1호 및 동조 제4호 내지 제5호의 규정에 의하여 공익법인 등에 부과되는 증여세과세가액은 각 규정에 의한 가액을 과세요인 발생일 현재 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액으로 한다.

48-39…7【공익법인 등과 특별한 관계가 있는 자의 범위】

국가 또는 지방자치단체가 공익법인 등에 출연하는 경우에 국가 또는 지방자치단체 및 그 소속공무원, 기타 고용관계에 있는 자는 영 제39조 제1항에 규정하는 그 공익법인 등과 특별한 관계가 있는 자에 해당하지 아니한다.

47-36…6【제3자의 채무로 담보된 재산증여의 경우 증여가액】

제3자의 채무의 담보로 제공된 재산을 조건없이 증여받는 경우 증여가액은 증여당시의 그 재산가액 전액으로 한다. 이 경우 당해 재산을 증여받은 수증자가 담보된 채무를 변제한 때에는 그 채무상당액을 채무자에게 증여한 것으로 본다. 다만, 담보된 채무를 수증자가 채무자를 대위하여 변제하고 채무자에게 구상권을 행사하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 기술지주회사의 세무문제

등록세는 재산권 기타 권리의 취득ㆍ이전ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자는 등록세의 납세의무가 있다.

따라서 기술지주회사를 설립하기 위해서는 지방세법상 등록세가 과세되는 것이며, 기술지주회사를 설립하는 과정에서 부담하여야 하는 등록세는 법인설립을 위한 등록세와 지방교육세 및 특허권 등의 이전을 위한 등록세로 구분되어 진다.

이에 대한 지방세법의 규정을 살펴보면 다음과 같다.

□ 법인 설립을 위한 등록세

□ 지방세법 제137조【법인등기의 세율】

① 법인이 등기를 받을 때에는 다음 각호의 구분에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

1. 상사회사 기타 영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인

(1) 설립과 불입

불입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 이외의 출자가액의 1,000분의 4

(2) 자본증가 또는 출자증가

불입한 금액 또는 현금 이외의 출자가액의 1,000분의 4

2. 비영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인

(1) 설립과 불입

불입한 출자총액 또는 재산가액의 1,000분의 2

(2) 출자의 총액 또는 재산의 총액의 증가

불입한 출자 또는 재산가액의 1,000분의 2

3. 자산재평가적립금에 의한 자본 또는 출자금액의 증가 및 출자의 총액 또는 자산의 총액의 증가(「자산재평가」법의 규정에 의한 자본전입의 경우를 제외한다)

증가한 금액의 1,000분의 1

4. 본점 또는 주사무소의 이전

매 1건당 75,000원

5. 지점 또는 분사무소의 설치

매 1건당 23,000원

6. 제1호 내지 제5호 이외의 등기

매 1건당 23,000원

② 제1항 제1호 내지 제3호의 경우에 세액이 75,000원 미만인 때에는 이를 75,000원으로 한다.

□ 지방세법 제138조【대도시지역 내 법인등기 등의 중과】

① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만,「수도권정비계획법」제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다) 안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 대도시 안에서의 법인의 설립(설립 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기

2. 대도시 외의 법인이 대도시 내로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.

3. 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기

4. 대도시(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 유치지역 및「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」의 적용을 받는 공업지역을 제외한다) 안에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기

② 이하 생략

□ 지방교육세

□ 지방세법 제260조의 2【납세의무자】

지방교육의 질적 향상에 필요한 지방교육재정의 확충에 소요되는 재원을 확보하기 위하여 이 법의 규정에 의한 등록세(제196조의 2의 규정에 의한 자동차의 등록에 대한 등록세를 제외한다), 레저세, 주민세균등할, 재산세, 비영업용승용자동차(비영업용기타승용자동차를 포함한다)에 대한 자동차세[국가, 지방자치단체 및「초ㆍ중등교육법」에 의하여 학교를 경영하는 학교법인(목적사업에 직접 사용하는 자동차에 한정한다)을 제외한다] 및 담배소비세의 납세의무자는 지방교육세를 납부할 의무를 진다.

□ 지방세법 제260조의 3【과세표준과 세율】

① 지방교육세는 다음 각호의 1의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

구분	과 세 표 준	세 율
1	이법의 규정에 의하여 납부하여야 할 등록세액	100분의 20
2	이법의 규정에 의하여 납부하여야 할 레져세액	100분의 40
3	이법의 규정에 의하여 납부하여야 할 주민세균등할의 세액	100분의 10. 다만, 인구 50만 이상의 시에 있어서는 100분의 25로 한다.
4	이법의 규정에 의하여 납부하여야 할 재산세액	100분의 20
5	이법의 규정에 의하여 납부하여야 할 자동차세액	100분의 30
6	이법의 규정에 의하여 납부하여야 할 담배소비세액	100분의 50

② 지방자치단체의 장은 지방교육투자재원의 조달을 위하여 필요한 경우에는 당해 지방자치단체의 조례가 정하는 바에 의하여 지방교육세의 세율을 제1항(제2호를 제외한다)의 표준세율의 100분의 50의 범위 안에서 이를 가감조정할 수 있다.

③ 도농복합형태의 시에 대하여 제1항의 표 제3호의 규정을 적용함에 있어서 "인구 50만 이상 시"라 함은 동 지역의 인구가 50만 이상인 경우를 말하며, 당해 시의 읍ㆍ면지역에 대하여는 그 세율을 100분의 10으로 한다.

□ 기술의 이전을 위한 등록세

□ 지방세법 제145조【특허권등록 등의 세율】

특허권ㆍ실용신안권 또는 디자인권에 관하여 등록을 받을 때에는 다음 각호의 구분에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

1. 상속에 의한 특허권 등의 이전

매 1건당 6,000원

2. 상속 이외의 원인으로 인한 특허권 등의 이전

매 1건당 9,000원

□ 해결방안 : 등록세의 감면을 건의

□ 기술지주회사의 경우 그 실체는 학교인 공익법인과 동일하고 회사의 이익을 전액 학교의 교육 등을 위하여 사용하게 되므로 감면을 건의할 필요가 있음

Ⅲ. 자회사의 설립과정에서의 세무문제

기술지주회사가 산학협력단으로부터 현물출자를 받아 보유하던 기술 등을 산업화하기 위해서는 외부기업의 현금출자와 기술지주회사가 보유하고 있는 기술 등의 현물출자에 의하여 사업을 영위할 자회사를 설립하여야 한다.

이 경우 산학협력단의 경우 기술지주회사의 현물출자와 관련하여 다음과 같이 부가가치세의 과세와 현물출자하는 기술 등의 처분이익에 대한 법인세의 과세 등과 같은 세무상의 문제가 발생하게 된다.

□ 부가가치세의 과세문제

기술지주회사가 보유하는 기술 등을 현물출자하여 자회사를 설립하는 과정에서 발생하는 부가가치세의 과세문제는 산학협력단이 현물출자하여 기술지주회사를 설립하는 경우와 동일하다.

그러나 이 경우에는 기술지주회사가 부가가치세를 거래징수하여 납부하고 사업을 위하여 새로이 설립되는 자회사는 부가가치세를 지불하고 부가가치세 신고를 함에 있어서 납부세액에서 공제를 하거나 환급을 받게 되므로 산학협력단이 현물출자를 하여 기술지주회사를 설립하는 경우와 달리 과세당국에 부가가치세의 면제를 요구할 수는 없을 것으로 보인다.

□ 법인세의 과세문제

기술지주회사가 자회사를 설립하기 위하여 보유하는 기술 등을 자회사에 현물출자하는 경우 이는 재화의 양도로서 기업회계상 자산의 처분에 해당하는 것이므로 기술지주회사는 기술 등의 처분이익에 대하여 법인세를 부담하여야 한다.

이 경우 기술 등의 취득가액은 산학협력단으로부터 현물로 출자를 받아 법인을 설립하거나 증자를 할 당시의 가액인 기술평가기관의 평가액이 되는 한편, 기술 등의 양도가액은 기술 등을 기술지주회사가 자회사에 현물출자를 할 당시의 평가액□이 되어 차이가 발생할 수 밖에 없는 것이며, 결국 그 차액은 자산의 처분이익 내지는 처분손실이 되어 법인세의 과세소득을 구성하게 되는 것이다.

□ 자회사를 설립하는 경우 기술 등의 평가는 기술지주회사를 설립하는 경우와는 달리 상업화를 주도할 외부의 기업과의 협의에 의하여 결정하고 이에 따라 지분율이 결정되어야 할 것으로 보인다.

□ 해결방안 : 법인세의 과세유예를 건의

□ 형식상으로는 유가증권의 처분손익이 발생하지만 실제 현금의 유입이 전혀 없으므로 법인세를 과세하는 경우 기술지주회사는 사실상 법인세를 납부할 수가 없음

□ 따라서 기술지주회사가 이후 사업연도에 자회사의 주식 등을 처분할 때 법인세를 과세하여야 할 것이므로 당해 주식 등을 처분할 때까지 압축기장충당금 등의 손금산입제도를 도입하여 법인세의 과세를 유예하여야 할 필요가 있음

Ⅳ. 산학협력단 및 기술지주회사의

수입배당금에 대한 법인세 과세

기술지주회사의 설립을 통한 기술 등의 상업화와 관련하여 기술지주회사는 자회사로부터 이익금의 배당을 받게 될 것이며, 산학협력단은 기술지주회사로부터 이익금의 배당을 받게 될 것이다.

산학협력단의 경우 법인세법상 비영리법인으로서 고유목적사업준비금의 손금산입을 통하여 법인세 부담을 피할 수 있으나, 기술지주회사는 법인세법상 영리법인으로서 정상적으로 법인세를 부담하여야 할 것이나 현행 법인세법은 이중과세의 조정을 위하여 기술지주회사를 일반 지주회사와 동일하게 보고 수입배당금액에 대하여 익금불산입할 수 있도록 규정하고 있다.

이에 대한 법인세법의 규정은 다음과 같다.

□ 기술지주회사의 경우

□ 법인세법 제18조의 2【지주회사의 수입배당금액의 익금불산입】

① 내국법인 중「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사 중 대통령령이 정하는 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사와「산업교육진흥 및 산학협력 촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력기술지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)가 자회사(당해 지주회사가 출자한 법인으로서 지주회사의 자회사에 대한 출자비율 등을 감안하여 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 내국법인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)로부터 받은 이익의 배당액이나 잉여금의 분배액과 제16조의 규정에 따른 배당금 또는 분배금의 의제액(이하 이 조 및 제18조의 3에서 "수입배당금액"이라 한다) 중 제1호 및 제2호의 규정에 따라 계산한 금액의 합계액이 제3호 및 제4호의 규정에 따라 계산한 금액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.

1. 자회사의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 80(주권상장법인 또는 코스닥상장법인의 경우에는 100분의 40)을 초과하여 출자한 경우에는 당해 자회사로부터 받은 수입배당금액에 100분의 90을 곱하여 산출한 금액. 다만, 자회사의 발행주식총수 또는 출자총액의 전액을 출자한 경우에는 자회사로부터 받은 수입배당금액 전액에 상당하는 금액을 말한다. (2005.12.31. 개정)

※ 참고 : 2009년 1월 1일 이후부터는 익금불산입 비율이 100%로 개정이 되어 시행이 예고되어 있음을 참고하기 바람.

자회사의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 80[「증권거래법」에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다) 또는 코스닥 상장법인(이하 "코스닥상장법인"이라 한다)의 경우에는 100분의 40을 말한다]을 초과하여 출자한 경우에는 해당 자회사로부터 받은 수입배당금액 전액에 상당하는 금액 (2006.12.30. 개정; 법률 제8141호 부칙 제1조 2009.1.1. 시행)

2. 자회사에 출자한 비율이 제1호에서 정한 율 이하인 경우에는 당해 자회사로부터 받은 수입배당금액에 100분의 80을 곱하여 산출한 금액. 다만, 해당 자회사로부터 2007년 1월 1일부터 2007년 12월 31일까지 받은 수입배당금액에 대하여는 100분의 70을 곱하여 산출한 금액으로 한다.

3. 지주회사가 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자가 있는 경우에는 차입금의 이자 중 제1호 및 제2호의 규정에 의한 익금불산입 비율 및 자회사에 출자한 금액이 지주회사의 자산총액에서 차지하는 비율 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액

4. 자회사가「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 계열회사(이하 이 호 및 제18조의 3에서 "계열회사"라 한다)에 출자한 경우 당해 자회사로부터 받은 수입배당금액에 당해 자회사가 계열회사에 출자한 금액을 감안하여 대통령령이 정하는 율을 곱하여 산출한 금액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외한다.

가.「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제2조 제1호의 3의 규정에 의한 자회사가 공정거래위원회가 정하는 손자회사에 출자한 경우

나.「금융지주회사법」제2조 제1항 제2호의 규정에 의한 자회사가 동항 제3호의 규정에 의한 손자회사에 출자한 경우

다.「금융지주회사법」제2조 제1항 제2호의 규정에 따른 자회사가 대통령령이 정하는 기관투자자에 해당하는 경우

② 제1항의 규정은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 수입배당금액에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

1. 배당기준일 전 3월 이내에 취득한 주식 등을 보유함으로써 발생하는 수입배당금액

2. 이 법 및「조세특례제한법」에 따라 지급배당에 대하여 소득공제되거나 법인세가 비과세ㆍ면제 또는 감면되는 대통령령이 정하는 법인으로부터 받은 수입배당금액

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 지주회사의 자회사에 대한 출자비율의 계산방법, 익금불산입액의 계산, 수입배당금액명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 법인세법 시행령 제17조의 2【지주회사의 수입배당금액의 익금불산입】

① 법 제18조의 2 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 지주회사"라 함은 사업연도종료일 현재「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 의하여 공정거래위원회에 지주회사로 신고된 내국법인(이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)을 말한다. 이 경우 당해 사업연도종료일 현재 동법에 의한 지주회사의 설립ㆍ전환의 신고기한이 도래하지 아니한 자가 당해 사업연도의 각 사업연도소득에 대한 법인세과세표준신고기한까지 지주회사로 신고한 경우에는 이를 지주회사로 본다.

② 법 제18조의 2 제1항에서 "대통령령이 정하는 요건을 갖춘 내국법인"이라 함은 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 내국법인(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)을 말한다.

1. 지주회사가 직접 당해 내국법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 40(주권상장법인ㆍ코스닥상장법인 또는「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조 제1항에 따른 벤처기업인 경우에는 100분의 20) 이상을 당해 내국법인의 배당기준일 현재 3월 이상 계속하여 보유하고 있는 법인일 것

2. 다음 각목의 1에 해당하는 내국법인일 것

가. 당해 내국법인의 지주회사가「금융지주회사법」에 의한 금융지주회사인 경우에는 동법 제2조 제1항 제1호의 규정에 의한 금융기관(동법시행령 제2조 제2항의 규정에 해당하는 법인을 포함한다)

나. 당해 내국법인의 지주회사가「금융지주회사법」에 의한 금융지주회사 외의 지주회사인 경우에는 한국표준산업분류에 의한 금융업 또는 보험업을 영위하지 아니하는 법인

③ 법 제18조의 2 제1항 제1호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 지주회사의 자회사에 대한 출자비율은 자회사의 배당기준일 현재 3월 이상 계속하여 보유하고 있는 주식 등을 기준으로 계산한다. 다만, 지주회사의 완전자회사가 되기 전에 부여한 신주인수권과 전환권이 지주회사의 완전자회사가 된 후 행사되어 자회사의 발행주식총수가 증가하는 경우 동 발행주식(배당기준일 전 3월 이내에 발행된 것에 한한다)에 대하여는 배당기준일 현재 보유하고 있는 주식 등을 기준으로 계산한다.

④ 법 제18조의 2 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 차입금 및 그 차입금의 이자에는「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사가 차입시의 이자율보다 높은 이자율로 자회사에 대여한 금액에 상당하는 차입금의 이자와 제55조의 규정에 의하여 이미 손금불산입된 금액이 포함되지 아니하는 것으로 한다.

⑤ 법 제18조의 2 제1항 제3호에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"이라 함은 차입금의 이자에 제1호 및 제2호에 따른 금액의 합계액이 제3호에 따른 금액에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 말한다.

1. 법 제18조의 2 제1항 제1호를 적용받는 자회사의 주식 등의 장부가액의 합계액×100분의 100

2. 법 제18조의 2 제1항 제2호를 적용받는 자회사의 주식 등의 장부가액의 합계액×100분의 80

3. 당해 지주회사의 사업연도종료일 현재 대차대조표상의 자산총액. 다만,「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사가 차입시의 이자율보다 높은 이자율로 자회사에게 대여한 금액이 있는 경우에는 자산총액에서 해당 금액을 차감한 금액으로 한다.

⑥ 법 제18조의 2 제1항 제4호 각 목 외의 부분 전단에서 "대통령령이 정하는 율"이라 함은 제1호의 규정에 의한 율에 제2호의 규정에 의하여 계산한 비율을 곱하여 계산한 율을 말한다.

1. 지주회사가 자회사에 출자한 비율이 법 제18조의 2 제1항 제1호에 해당하는 경우에는 100분의 100, 법 제18조의 2 제1항 제2호에 해당하는 경우에는 100분의 80. 이 경우 자회사가 2 이상인 때에는 각 자회사별로 그에 해당되는 율로 한다.

2. 당해 자회사가 계열회사에 출자하여 취득한 주식 등의 장부가액이 당해 자회사가 지주회사로부터 출자받은 금액(지주회사가 자회사에 출자하여 취득한 주식 등의 장부가액을 말한다)에서 차지하는 비율. 이 경우 그 비율이 100분의 100을 초과하는 때에는 이를 100분의 100으로 한다.

⑦ 제5항 각 호에 따른 자회사의 주식 등의 가액 및 자산총액과 제6항 제2호의 규정에 의한 주식 등의 가액은 적수로 계산하며, 법 제18조의 2 제1항 제4호에 해당하는 금액이 있는 경우 제5항 제1호 및 제2호의 비율은 법 제18조의 2 제1항 제1호 및 제2호에 해당하는 금액에서 같은 항 제3호에 해당하는 금액을 차감한 금액이 당해 자회사로부터 받은 수입배당금액 전액에서 차지하는 비율로 한다.

⑧ 법 제18조의 2 제1항 제4호 다목에서 "대통령령이 정하는 기관투자자"라 함은 다음 각 호의 법인을 말한다.

1. 제61조 제2항 제1호 내지 제11호ㆍ제21호ㆍ제28호ㆍ제34호 및 제36호의 금융기관 등

2.「간접투자자산 운용업법」에 따른 자산운용회사

3.「증권거래법」에 따라 허가를 받은 증권금융회사

4. 법률에 따라 설립된 기금을 관리ㆍ운용하는 법인으로서 기획재정부령으로 정하는 법인(해당 기금사업의 경우에 한한다)

5. 법률에 따라 공제사업을 영위하는 법인으로서 기획재정부령으로 정하는 법인

6. 그 밖의 법인 중 상장유가증권에의 투자를 통한 증권시장의 안정을 목적으로 설립된 조합으로서 기획재정부장관이 정하는 조합의 조합원. 다만, 해당 조합의 규약에 따라 조합원 공동으로 주권상장법인의 주식을 취득하는 경우에 한한다.

⑨ 법 제18조의 2 제1항의 규정을 적용받고자 하는 법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 수입배당금액명세서를 첨부하여 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑩ 제3항 및 법 제18조의 2 제2항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 동일종목의 주식 등의 일부를 양도한 경우에는 먼저 취득한 주식 등을 먼저 양도한 것으로 본다.

⑪ 법 제18조의 2 제2항 제2호에서 "대통령령이 정하는 법인"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

1. 법 제51조의 2의 규정을 적용받는 법인

2.「조세특례제한법」제63조의 2ㆍ제121조의 8 및 제121조의 9의 규정을 적용받는 법인(감면율이 100분의 100인 사업연도에 한한다)

□ 산학협력단의 경우

2007년 12월 비영리법인의 수입배당금에 대하여는 이중과세의 조정을 위한 익금불산입의 규정을 적용할 수 없도록 법인세법이 개정되었다.

따라서 산학협력단이 기술지주회사로부터 받는 수입배당금에 대하여는 고유목적사업준비금의 손금산입을 통하여 법인세 과세를 회피하여야 할 것이다.

□ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

2.「소득세법」제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익

3.「소득세법」제17조 제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금

4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 제1호 내지 제5호 외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것

③ 생략

□ 법인세법 제18조의 3【수입배당금액의 익금불산입】

① 내국법인(제1조 제2호의 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 해당 법인이 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액(제18조의 2의 규정을 적용받는 수입배당금액을 제외한다) 중 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 계산한 금액의 합계액이 제3호 및 제4호의 규정에 의하여 계산한 금액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.

1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(주권상장법인 또는 코스닥상장법인의 경우에는 100분의 30)을 초과하여 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액. 다만, 발행주식총수 또는 출자총액의 전액을 출자한 경우에는 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액 전액에 상당하는 금액을 말한다.

2. 내국법인이 제1호에서 정한 율 이하로 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액에 100분의 30을 곱하여 산출한 금액

3. 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자가 있는 경우에는 제18조의 2 제1항 제3호의 규정을 준용하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액

4. 해당 내국법인에게 배당을 지급한 다른 내국법인(해당 내국법인의 계열회사인 경우로 한정한다)이 계열회사에 출자한 경우에는 제18조의 2 제1항 제4호의 규정을 준용하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액

② 제1항은 제18조의 2 제2항 각 호의 규정에 따른 수입배당금액에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 출자비율의 계산방법, 익금불산입액의 계산, 수입배당금액명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 기타 건의하여야 할 사항

□ 자회사의 주식을 처분할 수 있는 근거의 마련

□ 기술지주회사의 전문인력 등에 대한 규정을 임의규정으로 할 것

□ 자회사 출자에 대한 기술의 평가를 외부의 기업과 협의에 의할 수 있도록 규정의 개정이 필요